Published by 学会事務局 on 20 12月 2021

【研究部会】バイオ計測サイエンス研究部会第5回企画 Pythonデータ解析入門

バイオ計測技術が生み出す膨大なデータから、役に立つ知見を見つけるには、データを解析するテクニックが必要となります。Pythonは、バイオインフォマティクス技術を活用したデータマイニング、AIの活用への近道です。そこで本講座はデータ解析の必要に迫られた大学院生を対象に、学生チューターに助けてもらいつつ自習用教材を用いて、Pythonを使う基礎を学びます。今回は生物工学分野の学生を対象として行います。

  • 日時:2022年1月17日(月)18:00~21:00頃
     
  • 場所:Zoom オンライン
     
  • 募集人数:8グループ(1グループ最低2名)
     
  • 参加費:無料(教育効果を高めるため2~10名のグループでの参加を推奨します。研究室単位などでご参加ください。また資料作成にご協力いただくため無料とします。)
     
  • 用意するもの:Windows10が入ったパソコン。Zoomが接続できる環境。事前にお送りする資料でPythonのインストールを行ってからご参加ください。
     
  • 申込方法:2022年1月11日(火)までに下記フォームより申し込みください。満席になり次第募集を打ち切ることがあります。
    https://forms.gle/5wHuykRuB7nBGACU9
     
  • 対象:生物工学分野の学部、大学院生
     
  • 内容:
    Python上でのプログラミング基礎(変数、リスト、辞書、if文、for文)
    モジュールのインポート
    数値データファイルの読み込み
    統計解析(t検定、階層化クラスタリング)
    データファイルの書き出し
     
  • 問合せ先:
    〒565-0871
    大阪府吹田市山田丘1-5
    大阪大学大学院情報科学研究科 バイオ情報計測学講座
    松田 史生
    E-mail 

プログラム

Zoom breakout roomを用いた自習形式。教材をもとに自分で学習。わからないところはチューターに聞く。

2022年1月17日(月)18:00~21:00頃

  • 18:00~ Python上でのプログラミング基礎
  • 19:00~ 統計解析
  • 20:00~ 各自の課題をクリアしてみる。

 

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Published by 部会:バイオインフォマティクス on 11 9月 2020

関連リンク集

バイオインフォマティクス相談部会 関連リンク集

生物工学若手研究者の集い(若手会)
様々な分野の若手研究者の交流の場の提供を目的として、毎年の夏のセミナー開催などの活動が行われています。当部会の幹事会メンバーはここで出会いました。
夏のセミナーでは当部会との共催企画を何度も開催させていただきました(活動記録を参照)。

バイオ計測サイエンス研究部会
バイオテクノロジーと分析、計測、データ解析技術開発研究の融合領域に関する活動が行われています。
当部会運営委員からも複数の先生が委員として参加されています。
2019年には講演会を共催しました(リンク)。

質量分析インフォマティクス研究会
質量分析法研究コミュニティとバイオインフォマティクス研究コミュニティの学際的協力と情報交換の促進を目的として活動が行われています。
当部会運営委員の津川裕司先生が運営に携わっておられます。

CBI若手の会
情報計算化学生物学会(The Chem-Bio Informatics Society)の若手の会です。
当部会相談窓口の外部アドバイザーを務められておられる江崎剛史先生が運営に携わっておられます。

macでインフォマティクス
当部会相談窓口の外部アドバイザーを務められておられる上坂一馬先生が運営されています。たいへん参考になります。

biopapyrus
バイオインフォマティクス、アグリインフォマティクスの記事が豊富に掲載されており、たいへん参考になります。

 

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明 問い合わせ先:(1)E-mail, (2)E-mail

 

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Published by 部会:バイオインフォマティクス on 11 9月 2020

活動記録

バイオインフォマティクス相談部会 活動記録

2023
共催: 第75回日本生物工学会大会 シンポジウム「データ駆動型研究が導く未培養微生物 (微生物ダークマター) の開拓と展望」※未培養微生物(微生物ダークマター)資源工学研究部会との共催(2023/9/5)⇒ 開催報告
主催:記念フォーラム ~生物工学会におけるバイオインフォマティクスのこれまでとこれから~ ハイブリッド開催(オンライン/名城大学)(2023/3/20)
2022
共催: 第74回日本生物工学会大会 シンポジウム「生物工学が拓く未培養微生物 (微生物ダークマター) の未来」※未培養微生物(微生物ダークマター)資源工学研究部会との共催(2022/10/20)
依頼総説:Uesaka et al,. Bioinformatics in bioscience and bioengineering: Recent advances, applications, and perspectives, J. Biosci. Bioeng., In Press *Society for Biotechnology, Japan 100th Anniversary Special 
編集協力・分担執筆: 実験医学別冊 論文図表を読む作法 第7章 NGSなどを用いた網羅的解析(2022/6/30)
 
主催:第五講演会 ~大規模データとインフォマティクスが拓く未培養微生物研究~オンライン開催(2022/3/7) ⇒  開催報告
未培養微生物(微生物ダークマター)資源工学研究部会との共催
2021
主催:第四講演会 細胞工学分野におけるデータサイエンス 名古屋大学・オンラインハイブリッド開催(2021/3/17) ⇒  開催報告
次世代アニマルセルインダストリー研究部会との共催
2020企画協力:生物工学Webシンポジウム2020 若手会ミキサー  バイオインフォマティクス出前相談窓口(2020/9/3)
2019主催: 第三講演会 ~大規模計測技術とインフォマティクスと自動化~ 京都大学(2019/11/20) ⇒  開催報告
バイオ計測サイエンス研究部会との共催
共催: 第71回日本生物工学会大会 シンポジウム「ペアで紹介します、WetとDryの融合研究」 岡山大学(2019/9/18) ⇒  開催報告
共催: バイオインフォマティクス出張相談窓口(2019年度若手会夏のセミナー内での開催) 滋賀県高島市 (2019/7/20)⇒  開催報告
寄稿: 特集 生物工学分野におけるバイオインフォマティクス技術の利活用の現状と展望(生物工学, 97(5) , 2019)
主催: 深層学習ハンズオンセミナー 東京都千代田区 (2019/3/9) ⇒  開催報告
2018
主催: 第二回講演会 東京大学 (2018/12/5)⇒  開催報告
出展: 第70回日本生物工学会大会附設展示会 関西大学  (2018/9/5 – 9/7) ⇒  開催報告
共催: バイオインフォマティクス簡易相談ブース+解析体験デモ(2018年度若手会夏のセミナー内での開催) 北見工業大学 (2018/6/30 – 7/1)⇒  開催報告
寄稿: 2017年度研究部会活動報告(生物工学, 96(5), pp. 304, 2018)
企画協力: 第5回SBJシンポジウム(2018/5/25)
2017主催: 第一回講演会 大阪大学(2017/12/26)⇒  開催報告
共催: 第69回日本生物工学会大会 シンポジウム「集え!バイオインフォマティクスを利活用する生物工学若手研究者」 早稲田大学(2017/9/12)
主催: 第一回勉強会 名古屋大学(2017/8/10)⇒  開催報告
2016 第68回日本生物工学会大会 シンポジウム「生物工学若手研究者の生命情報との向き合い方 ~バイオインフォマティクス入門から応用へ~」 富山国際会議場(2017/9/28)
※このシンポジウムの開催が部会発足のきっかけとなりました。

 

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明 問い合わせ先:(1)E-mail, (2)E-mail

 

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Published by 部会:バイオ計測サイエンス on 11 8月 2020

【研究部会】バイオ計測サイエンス研究部会2020 シンポジウム~次世代のバイオ計測はこれだ!!~

次世代のバイオ計測、未来のバイオ計測、さらには、やってみたい・出来たら理想的なバイオ計測、についてバイオ計測をリードしている若手研究者にご講演頂き、参加者で今後のバイオ計測の方向性を議論します。バイオ計測にご興味がある皆様の参加をお待ちしています。

日時:2020 年8月24日(月)13:30~17:00

開催形式:オンライン

開催案内はこちらpdf

登録方法:下記URL またはQR コードから登録

https://forms.gle/JZQiicGpvF1caNFr7

QR_division_bio_analysis_sympo

プログラム

  • 13:00 
    はじめに……内山 進(大阪大学 大学院工学研究科)
     
  • 13:10 
    機能的セル・オミックスによる個体レベルの生命現象の理解
    ……青木 航(京都大学 大学院農学研究科)
     
  • 13:40
    未知代謝物の計測と同定
    ……岡橋伸幸(大阪大学 大学院情報科学研究科)
     
  • 14:10 
    次世代のメタボローム計測
    ……和泉 自泰(九州大学 生体防御医学研究所)
     
  • 14:40 休憩
     
  • 15:00 
    コロニーの指紋認証~バイオイメージインフォマティクスに基づく微生物の菌種判別法の開発と展望~
    ……前田義昌(東京農工大学 大学院工学研究院)
     
  • 15:30
    動物細胞培養の計測と自動化への取り組み~細胞培養を『はかる』~
    ……蟹江 慧 (名古屋大学 大学院創薬科学研究科)
     
  • 16:00
    細胞創製時代のバイオ計測
    ……河原 正浩(医薬基盤・健康・栄養研究所 ワクチン・アジュバント研究センター)
     
  • 16:30 討議……松田史生(大阪大学 大学院情報科学研究科)

 

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Published by 部会:バイオインフォマティクス on 12 9月 2019

《バイオ計測サイエンス研究部会共催》">【研究部会】バイオインフォマティクス相談部会 第三回講演会《バイオ計測サイエンス研究部会共催》

会は盛況のうちに終了しました。ご参加ありがとうございました。

この度バイオインフォマティクス相談部会は、第三回講演会を11/20に京都大学で開催する運びとなりました。今回は大規模計測技術とインフォマティクス、ならびにそれらの自動化をトピックとして、バイオ計測サイエンス研究部会との共催により開催いたします。講演会では、生物工学分野の内外でご活躍されている先生方をお招きしてご講演頂きます。

 

バイオインフォマティクス相談部会 第三回講演会
~大規模計測技術とインフォマティクスと自動化~
(共催:バイオ計測サイエンス研究部会

  • 日時: 2019年11月20日(水) 
  • 会場: 京都大学吉田キャンパス (京都市左京区北白川追分町)
    • 講演会
      • 会場:農学部総合館講義室W506
      • ​​時刻:13:00 – 17:30 
        • 12:30受付開始
      • 参加費:11/13までに参加登録の場合(一般3000円・学生無料)
            11/14以降に登録または当日参加(一般3500円・学生500円)
        • 当日受付にてお支払い下さい。
    • 懇親会
      • 会場:北部食堂(北部生協2F)
      • 時刻:18:00 – 20:00
      • 懇親会費:11/13までに参加登録の場合(一般3000円・学生1500円)
             11/14以降に登録または当日参加(一般3500円・学生2000円)
        • 当日受付にてお支払い下さい。
  • 参加申込フォーム: 終了しました。

概要

 近年発展著しいシーケンシング技術やオミクス解析などの大規模計測を用いた研究遂行に際し、計測そのものとその後の情報解析とは不可分の関係にあります。一人の研究者がその両方に取り組む場合もありますが、独力での遂行には限界があり、Wet系研究者とDry系研究者、さらに生物学研究者と分析化学研究者など、複数の分野の協業が必須となります。その場合には文化の壁を超えたコミュニケーションが必要となります。そこで本講演会では、大規模計測技術を利活用して研究に取り組む気鋭の研究者を学会内外から招聘いたします。
 また最近では、こうした大規模計測によって得られるデータの前処理や生物学的特徴の抽出をより迅速に行うために、機械学習などを駆使した解析の自動化の試みが盛んに行われています。さらに実験研究においても、多量のサンプルの処理や、手技の違いに由来するバイアスの回避、フェノタイピングデータなどの大規模計測などのための実験自動化の試みがなされるようになってきました。そこでWetおよびDryの両面で、大規模計測に関する実験自動化に取り組む研究者にもご講演いただくことにしました。
 今回はバイオ計測サイエンス研究部会との共催行事として開催することで、より多彩な背景を持つ研究者を招聘いたします。最新の研究成果はもちろんのこと、Wet研究とDry解析をどのように組み合わせたり、異分野間で連携しているかの生の声などもお聞かせいただけるかと思います。是非この機会にお集まりいただき、交流の輪を広げる場としてご利用頂けますと幸いです。

 

プログラム ※敬称略

13:00-13:10 開会挨拶
13:10-13:40 講演1 江崎剛史(滋賀大・データサイエンス教育研究センター)
      演題「ワークフロー型分析プラットフォームを用いたメタボロームデータの解析」
13:40-14:10 講演2 小野直亮(奈良先端大・データ駆動型サイエンス創造センター)
      演題「分子畳み込みニューラルネットワークによるアルカロイド化合物の生合成経路の予測モデルの構築」
14:10-14:40 講演3 金澤慎司(島津製作所 / 阪大・情報科学研究科)
      演題「
AI等を活用した質量分析計のデータ解析自動化の取り組み​
 休憩
15:00-15:30 講演4 岡橋伸幸(阪大・情報科学研究科)
      演題「
腸内細菌叢の網羅的代謝物解析
15:30-16:00 講演5 三枝大輔(東北大・東北メディカルメガバンク機構)
      演題「大規模メタボローム解析の基盤構築における自動化システム導入の意義」
 休憩
16:20-16:50 講演6 堀之内貴明(理研・生命機能科学研究センター)
      演題「全自動実験室進化システムと大規模計測を用いたストレス耐性大腸菌の育種」
16:50-17:20 講演7 武藤愛(奈良先端大・データ駆動型サイエンス創造センター)
      演題「ハイスループット菌体アレイ作成ロボットを用いた、大腸菌遺伝子欠損株生育度の網羅的計測」
17:20-17:30 閉会挨拶

18:00-20:00 懇親会(北部食堂)

 

【実行委員】青木航(京都大学) 
      堀之内貴明(理化学研究所) 
      兒島孝明(名古屋大学) 
      蟹江慧(名古屋大学)

【問合せ先】理化学研究所 生命機能科学研究センター 
      堀之内貴明 E-mail:takaaki_horinouchi[at]riken.jp

 

開催報告

バイオインフォマティクス相談部会第三回講演会は、バイオ計測サイエンス研究部会との共催行事として、2019年11月20日-に京都大学吉田キャンパスにて開催しました。今回は「大規模計測技術とインフォマティクスと自動化」と題し、生物工学分野の内外より関連分野の研究者を招聘してご講演いただきました。今回はアカデミア、ならびに企業の参加者が多く、当該分野への関心の高さが伺えました。

ご参加いただいた皆様、ならびに共催として企画にご協力くださったバイオ計測サイエンス研究部会の先生方にこの場を借りて御礼申し上げます。

 

当日の様子

 

開会挨拶

 

今回の講演会はトピックが3つあったので、各講演者の講演内容を表としてまとめました。

 

 

講演1 江崎剛史先生「ワークフロー型分析プラットフォームを用いたメタボロームデータの解析」

 

講演2 小野直亮先生「分子畳み込みニューラルネットワークによるアルカロイド化合物の生合成経路の予測モデルの構築」

 

講演3 金澤慎司先生「AI等を活用した質量分析計のデータ解析自動化の取り組み​」

 

講演4 岡橋伸幸先生「腸内細菌叢の網羅的代謝物解析」

 

講演5 三枝大輔先生「大規模メタボローム解析の基盤構築における自動化システム導入の意義」

 

講演6 堀之内貴明先生 「全自動実験室進化システムと大規模計測を用いたストレス耐性大腸菌の育種」

 

講演7 武藤愛先生「ハイスループット菌体アレイ作成ロボットを用いた、大腸菌遺伝子欠損株生育度の網羅的計測」

 

会場の様子

 

集合写真

 

​ 

懇親会の様子。異分野交流の促進には欠かせません。

 

有志により二次会が開催され、さらなる異分野交流が行われました。ご参加ありがとうございました。

 

►バイオインフォマティクス相談部会

 

Published by 部会:バイオ計測サイエンス on 16 7月 2019

【研究部会】バイオ計測サイエンス研究部会第4回企画 Pythonデータ解析入門

バイオ計測技術が生み出す膨大なデータから、役に立つ知見を見つけるには、データを解析するテクニックが必要となります。表計算ソフト上で気合と根性と膨大な時間を使って行ったデータ処理が、Pythonというプログラミング言語を覚えれば、あっという間に終わります。Pythonは、バイオインフォマティクス技術を活用したデータマイニング、AIの活用への近道です。そこで本講座はデータ解析の必要に迫られた大学院生、研究者を対象に、学生チューターに助けてもらいつつ自習用教材を用いて、Pythonを使う基礎を学びます。また、少人数でのハンズオンセミナーを行い、課題解決へPython活用法を実践します。今回は生物工学分野の学生、および社会人を対象として行います。

  • 日時:2019年8月23日(金)13:00~18:00
     
  • 場所:大阪大学産学共創A棟1階セミナー室(吹田キャンパス)
       ⇒アクセスマップはこちら
     
  • 募集人数:16名
     
  • 対象:生物工学分野の大学院生、研究者
     
  • 内容:
    Python上でのプログラミング基礎(変数、リスト、辞書、if文、for文)
    モジュールのインポート
    数値データファイルの読み込み
    統計解析(t検定、階層化クラスタリング)
    データファイルの書き出し
     
  • 参加費: (資料代) 学生4千円、社会人8千円/人
    (教育効果を高めるため2名のグループでの参加を推奨します。また資料作成にご協力をお願いします。)
     
  • 持ち物: Windows10が入ったノートパソコン、USBメモリ
    (事前にPythonのインストールを行ってからご参加ください。)
     
  • 申込:2019年7月31日(火)までに1)参加希望者名、2)所属、3)メールアドレス、4)電話番号、5)Pythonで解析したいテーマ(必須)を記入したメールを下記までご送付ください。
     
  • 申込・問合せ先:
    〒565-0871
    大阪府吹田市山田丘1-5
    大阪大学大学院情報科学研究科 バイオ情報計測学講座
    松田 史生
    E-mail TEL:06-6879-7433

プログラム

自習形式。教材をもとに自分で学習。わからないところはチューターに聞く。

  • 13:00~ Python上でのプログラミング基礎
  • 14:00~ 統計解析、RNASeqデータ解析(選択)
  • 15:00~ ハンズオンセミナーで各自の課題をクリアしてみる。
  • 18:00~ 情報交換会

 

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Published by 学会事務局 on 20 5月 2019

《JPrOS/JES合同大会 サテライトワークショップ》">【研究部会】第3回 日本生物工学会バイオ計測サイエンス研究部会 ワークショップ 『バイオ計測技術勉強会~実際にどうやって計測するの?プロがノウハウを教えます!~』《JPrOS/JES合同大会 サテライトワークショップ》

日本プロテオーム学会(JPrOS)/日本電気泳動学会(JES)合同大会(フェニックス・シーガイア・リゾート、宮崎市)において、日本生物工学会バイオ計測サイエンス研究部会のサテライトワークショップを開催することになりました。本ワークショップでは、バイオ計測技術勉強会と題して、実際に計測を行う際に必要な技術を理解することを目的に、それぞれ計測技術の第一人者の先生にプロトコールを解説していただきます。

日時2019年7月26日(金)14:40~17:10
会場フェニックス・シーガイア・リゾート
シーガイア コンベンションセンター 会場2(天樹)(宮崎市)
プログラム
  • 14:40~15:10
    次世代シークエンス…中村 昇太(大阪大学)
     
  • 15:10~15:40
    HDX-MS…内山 進(大阪大学)
     
  • 15:40~16:10
    代謝フラックス解析…岡橋 伸幸
     
  • 16:10~16:40
    質量分析イメージング…新間 秀一(大阪大学)
     
  • 16:40~17:10
    オミクスデータ解析…早川 英介(沖縄科学技術大学)
19:00~コテージヒムカにおいて、ナイトセッション(宿泊可能)を企画しております。講演者の先生、バイオ計測サイエンス研究部会のメンバーも参加予定ですので、ワークショップに参加される方は、是非ナイトセッションにもご参加ください。
参加登録についてこちらの申込方法 専用サイトにて登録をお願い致します。
参加申込締切日2019年7月12日(金)
参加費ワークショップの参加費は無料です。
ナイトセッションの参加希望者は、「ナイトセッションの参加希望」および「宿泊(必要・不要)」を追記ください(宿泊については先着順)。宿泊料は、コテージヒムカ:5000円、ラグゼーツ葉:7000円となります。
詳細URLバイオ計測サイエンス研究部会HP
https://www.sbj.or.jp/division/division_bio_analysis.html
問合せ先日本生物工学会 バイオ計測サイエンス研究部会
幹事 馬場 健史
E-mail:

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Published by 学会事務局 on 20 5月 2019

《バイオ計測サイエンス研究部会共催》">【関連行事】JPrOS/JES 合同大会シンポジウム『第3回 日本生物工学会 バイオ計測サイエンス研究部会 シンポジウム~1細胞解析技術の新展開~』《宮崎》《バイオ計測サイエンス研究部会共催》

日本プロテオーム学会(JPrOS)/日本電気泳動学会(JES)合同大会(フェニックス・シーガイア・リゾート、宮崎市)において、日本生物工学会バイオ計測サイエンス研究部会共催のシンポジウムを開催することになりました。本シンポジウムでは、1細胞解析技術の開発に第一線で取り組んでおられる若手の先生方にご講演いただきます。

日時2019年7月26日(金)8:50~10:50
会場フェニックス・シーガイア・リゾート
シーガイアコンベンションセンター会場2(天樹)(宮崎市)
プログラム
  • 細胞形態情報解析を用いた1細胞~細胞集団の応答性の解析
    加藤 竜司(名古屋大学)
     
  • 1細胞オルガネラメタボロミクス実現に向けた試料採取・解析技術の開発    
    水野 初(静岡県立大学)
     
  • シングルセル分子フェノタイプ解析に向けた基盤技術の創生    
    和泉 自泰(九州大学)
     
  • 希少細胞を対象としたシングルセル遺伝子解析技術の確立と応用展開  
     …吉野 知子(東京農工大学)
詳細URLバイオ計測サイエンス研究部会HP
https://www.sbj.or.jp/division/division_bio_analysis.html

JPrOS/JES合同大会HP
https://www.jhupo.org/2019/index.html
演題登録期間2019年4月14日 (日)~ 5月24日(金)
参加登録について<JPrOS/JES合同大会および懇親会に全日参加される方>
日本生物工学会会員は、後援団体会員としてJPrOS・JES会員と参加費は同条件で登録可能です。ただし、ポスター発表の資格はJPrOSまたはJES会員のみです。所属団体名をバイオ計測とし、生物工学会の会員番号入力で参加登録システム(https://www.jhupo.org/2019/registration.html)から登録できます。
  • 参加費 個人会員:8,000円、学生会員:2,000円

<7月26日のみ参加の方>
申込方法 大会の参加登録システムではなく、こちらの専用サイトにて登録をお願い致します。
  • 参加費 一般:3,000円、学生:無料
参加申込締切日2019年7月12日(金)
問合せ先日本生物工学会 バイオ計測サイエンス研究部会
幹事 馬場 健史
E-mail:

 

 

Published by 学会事務局 on 05 11月 2018

【研究部会】バイオ計測サイエンス研究部会第2回企画 Pythonデータ解析入門

バイオ計測技術が生み出す膨大なデータから、役に立つ知見を見つけるには、データを解析するテクニックが必要となります。表計算ソフト上で気合と根性と膨大な時間を使って行ったデータ処理が、Pythonというプログラミング言語を覚えれば、あっという間に終わります。Pythonは、バイオインフォマティクス技術を活用したデータマイニング、AIの活用への近道です。そこで本講座はデータ解析の必要に迫られた大学院生を対象に、学生チューターに助けてもらいつつ自習用教材を用いて、Pythonを使う基礎を学びます。今回はPython自習用資料の作成と、学生チューターが学生を教える形式のテストとして、小規模に行います。

  • 日時:2018年12月18日(火)13:00~17:00
     
  • 場所:大阪大学情報科学研究科B棟 B618演習室
       ⇒アクセス
     
  • 内容:
    自習形式。教材をもとに自分で学習。わからないところはチューター役の学生に聞く。

    ♦ Pythonのインストール–
    ♦ Python上でのプログラミング基礎(変数、リスト、辞書、if文、for文)
    ♦ モジュールのインポート
    ♦ 数値データファイルの読み込み
    ♦ 統計解析(t検定、階層化クラスタリング)
    ♦ データファイルの書き出し
     
  • プログラム:
    13:00– Python起動
    14:00– Python上でのプログラミング基礎
    15:00– 統計解析
    16:00– 課題をクリアしてみる。
    17:00– 情報交換会
     
  • 対象:生物工学分野の大学院生
     
  • 募集人数:大学院生6名程度(多数の場合選考あり)
     
  • 参加費: 無料(自習用資料の作成に協力していただきます)
     
  • 持ち物: Windows10が入ったノートパソコン。USBメモリ。
     
  • 申込み方法:2018年11月30日(金)までに1) 参加希望者名、2) 所属、3) メールアドレス、4) 電話番号、5) Pythonで解析したいテーマを記入したメールを下記までご送付ください。
     
  • 問合せ先:
    大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報計測学講座
    松田 史生
    E-mail TEL:06-6879-7433
     

 

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Published by 学会事務局 on 05 7月 2018

【研究部会】バイオ計測サイエンス研究部会第一回シンポジウム

日本生物工学会バイオ計測サイエンス研究部会は、計測技術によるバイオテクノロジーの発展を目指し設立されました。そこで、バイオテクロジーに関連する計測技術全体について現状の整理し、今後の展望を描くことを目指したシンポジウムを開催します。計測技術に関心のある、日本生物工学会員や他学会の皆様にも広くご参加をお願いします。

  • 日時:2018年9月8日(土)9:30~17:00
     
  • 場所:大阪大学大学院工学研究科
       サントリー記念館(C3棟)5階 メモリアルホール (吹田キャンパス)
       ⇒工学部へのアクセスマップはこちら
     
  • 参加費: 無料
     
  • 参加登録: 不要
     
  • 連絡先:
    〒565-0871
    大阪府吹田市山田丘1-5 大阪大学大学院情報科学研究科
    松田 史生
    E-mail TEL:06-6879-7433

プログラム

  • 9:30 開会あいさつ……内山 進(大阪大学工学研究科)
     
  • 9:40
    医療分野を超えた領域における質量イメージング法の応用
    ……新間 秀一(大阪大学工学研究科)
     
  • 10:00
    微生物バイオプロセスにおける計測と育種・プロセス開発への展開
    ……清水 浩(大阪大学情報科学研究科)
     
  • 10:40
    どうすれば上手くいくのメタボロミクス?
    ……福崎 英一郎(大阪大学工学研究科)
     
  • 11:20
    植物バイオから、計測サイエンスに期待するもの
    ……村中 俊哉(大阪大学工学研究科)
     
  • 12:00 休憩 (研究部会委員会@4F会議室)
     
  • 13:00
    生命現象をありのままに解析するためにーデータサイエンスを身近にー
    ……植田 充美(京都大学大学院農学研究科、京都バイオ計測センター)
     
  • 13:40
    動物細胞の産業プロセス:測ってどうするの:RTRTへの期待と憂鬱
    ……大政 健史(大阪大学工学研究科)
     
  • 14:20
    ヒト細胞・組織培養における計測技術の重要性
    ……紀ノ岡 正博(大阪大学工学研究科)
     
  • 15:00 休憩
     
  • 15:15
    糖タンパク質の構造計測
    ……加藤 晃一(自然科学研究機構)
     
  • 15:40
    蛋白質相互作用解析と次世代創薬への期待
    ……津本 浩平(東京大学医科学研究所、工学研究科)
     
  • 16:05
    最先端超音波計測とバイオサイエンス:音が光を凌駕するとき
    ……荻 博次(大阪大学工学研究科)
     
  • 16:30 若手ラピッドファイア
     
  • 16:55 終了のあいさつ
     
  • 17:00 散会

 

⇒バイオ計測サイエンス研究部Topへ

 

Published by 学会事務局 on 25 5月 2018

【事務局より】2018年度の研究部会について

2018年4月24日の理事会にて以下14の研究部会設置申請が承認されました。

【第1種研究部会】

【第2種研究部会】

【若手研究会】

 

♦関連記事:研究部会の設置申請について

Published by 部会:バイオインフォマティクス on 28 4月 2017

バイオインフォマティクス相談部会

バイオインフォマティクス相談部会代表
産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明 

研究概要図pdf

分析技術の高度化と計算機性能の向上に伴い、膨大な生命情報から有用情報を抽出するための手段であるバイオインフォマティクス解析が、生物工学分野における重要性を増しています。しかしながら、このバイオインフォマティクス解析は、高度な専門知識を要し、ターゲットや目的によって多種多様の方法論が存在し、さらにはその手法も刷新を続けていることから、初学者にとっては敷居が高いと言わざるを得ません。また、そうした状況に対し、適切な教育やサポート体制の提供は不十分であることが多く、各研究者が独力で個別問題に取り組まざるを得ないという状況が頻出しています。また各種バイオインフォマティクス技術の専門家は必ずしも生物工学分野の人材であるとは限らず、その場合には目的やニーズの相違やコミュニケーションの問題を解決する必要が生じます。

そこで生物工学分野にフォーカスした解析サポート環境の整備や交流の場の形成、バイオインフォマティクスがわかる(できる)生物工学研究者の育成、研究活動の支援などを目的として当部会を2017年度に設立しました。当部会は、生物工学分野をバックグラウンドとしつつバイオインフォマティクス解析手法に精通した研究者が主体となって運営しています。これにより、バイオ系人材のバックグラウンドに即した目的やニーズに即した活動を行うことができます。これに加え、ウェット系研究者との連携を得意とするバイオインフォマティクスのプロフェッショナル研究者を外部有識者として擁しており、高度な支援や異分野交流のさらなる促進を実現する体制を整えています。

これまでに相談窓口の運営、ノートPCを持ち込んでデータ解析方法を学ぶハンズオンセミナー、情報交換と交流を目的とした講演会などを開催してきました。また、これまでに講演会開催に際して学会内の他の研究部会(バイオ計測サイエンス研究部会次世代アニマルセルインダストリー研究部会未培養微生物(微生物ダークマター)資源工学研究部会)の協力を仰ぎ、部会共通のトピックの設定や、登壇者選定や開催告知の面での連携を進めてきました。こうした部会間の連携の強化をはかることにより、本部会の活動をさらに有機的なものとし、学会組織や学会員に対する幅広い貢献を目指して活動を行っています。

バイオインフォマティクスに興味のある方々はぜひ本部会の活動にご参加ください。当ページ下部に活動内容一覧を記しております。

 

バイオインフォマティクス相談部会 活動紹介

■お知らせ

New DIY自動化ハンズオンセミナーを開催しました(2024/3/15)。

 バイオインフォマティクス相談窓口における生成系AIの使用に関する基本方針を策定しました。

2023年度大会シンポジウムにおいて「データ駆動型研究が導く未培養微生物 (微生物ダークマター) の開拓と展望」(2023年9月5日)をオーガナイズしました。未培養微生物(微生物ダークマター)資源工学研究部会の青柳秀紀先生(筑波大学)との共催でした。

・相談窓口にてタンパク質立体構造予測プログラムのAlphaFold2の解析サポート始めました。

・部会委員が執筆を行った総説が公開されました。(Uesaka et al., Bioinformatics in bioscience and bioengineering: Recent advances, applications, and perspectives, J. Biosci. Bioeng., In Press)Society for Biotechnology, Japan 100th Anniversary Special Issue

・部会委員が編集協力、分担執筆を行った書籍が発刊されました。(実験医学別冊 論文図表を読む作法 第7章 NGSなどを用いた網羅的解析を担当しました)

・活動記録、研究部会業績、資料アーカイブ、関連リンク集をそれぞれ独立ページにしました。

 

活動内容


■相談窓口 (リンク)
 各種のバイオインフォマティクス解析手法に精通した生物工学研究者により構成される相談窓口を運営しております。
 AlphaFold2の解析相談も受け付けております。


■一般部会員メーリングリスト
 生物工学会におけるバイオインフォマティクス分野の活性化と情報共有、交流を目的として、部会メーリングリスト(ML)を運営しております。一般部会員になっていただくことでMLに登録され、当該分野の関連情報や部会が主催するイベント等の告知についてのメールを受信できます。またMLに情報を発信することも可能です。
 一般部会員への登録をご希望の方は、メールの件名または本文に「バイオインフォマティクス相談部会 一般部会員希望」とご記入の上、代表宛(E-mail)までご連絡下さい。

■各種研究会合の開催
 生物工学分野の内外から、バイオインフォマティクス技術を利活用されている先生方をお招きし、交流の場を設けております。奮ってご参加下さると幸いです。

■これまでの活動記録 (リンク)

■研究部会業績 (リンク)
 本部会の活動がきっかけになった共同研究や、相談窓口への投稿が元になった成果などをとりまとめています。

■資料アーカイブ (リンク)
 本部会活動においてこれまで作成・運用されたコンテンツをご覧になることができます。

■関連リンク集 (リンク)


運営委員

代表堀之内 貴明(産総研・人工知能研究センター)
幹事長兒島 孝明 (名城大・農)
会計蟹江 慧 (近畿大・工)
委員
(順不同)

加藤 竜司 (名大院・創薬科学)
中杤 昌弘 (名大院・医)
牧野 智宏 (第一三共(株))
松田 史生 (阪大院・情報科学)
Jasmina DAMNJANOVIC (名大院・生命農学)
宮本 義孝 (国立成育医療研究センター)
今中 洋行 (岡山大院・自然科学)
青木 航 (京大院・農)
相馬 悠希 (九大・生体防御医学研究所)
戸谷 吉博 (阪大院・情報科学)
大野 聡 (東大院・理)
豊島 正和 (神戸大院・工)
原 啓文 (東大院・農)
馬場 保徳 (石川県大・生物資源研)
津川 裕司 (東京農工大・工)
小野 直亮 (奈良先端大・データ駆動型サイエンス創造センター)
前田 和勲 (九工大院・若手研究者フロンティア研究アカデミー)
岡橋 伸幸 (阪大院・情報科学, 理研・IMS)

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明 問い合わせ先:(1)E-mail, (2)E-mail

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