公益社団法人 日本生物工学会

従来の微生物培養法では自然界の微生物の1％程度しか培養ができていません。残された99％の未培養微生物（Microbial dark matter）資源は、国内外で学術、産業面の利活用が期待され、網羅的なゲノム解析などが活発に行われています。しかしながら、塩基配列だけでは分からない微生物の機能解明や利用を考えた場合、生物工学的視点から、ダークマター微生物の解析、探索、分離・単離、培養、評価、保存、利用に関連する新規技術開発や、ビッグデータとの連携が必須です。未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会は、ダークマター微生物に関連する研究、基盤技術開発、利用の活性化を目指しています。

2023年度に本研究部会の活動を中心とする申請が（公財）発酵研究所 学会・研究部会助成に採択され、微生物の分離・培養・分類・保存などに関する研究で、生物工学分野におけるダークマター微生物の課題解決に資する新たな方法論や基盤技術の確立を目指し、本研究部会の活動推進に貢献する研究提案を生物工学会会員の皆様から公募いたしました。今回はその成果発表も含めた、シンポジウムを企画しました。また、口腔内の未培養微生物（ダークマター微生物）の培養、生理学的特性や病原性の解析に関する研究を精力的に展開しているProf. Xuesong He（ADA Forsyth Institute, USA）にもご講演いただきます。皆様、奮ってご参加くださいませ。

• 日時：2025年3月29日（土）9:50～17:20
   
• 開催形式：対面開催（現地） 定員100名程度
   
• 場所：御茶ノ水 ソラシティカンファレンスセンター Room B
  （東京都千代田区神田駿河台4-6 御茶ノ水ソラシティ1階）
   
• 参加費：無料

【主催】公益社団法人 日本生物工学会 未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会
【後援】IFO 公益財団法人 発酵研究所　　
 

プログラム

• 9:50～10:00　はじめに…… 青柳 秀紀（筑波大学）
   
• 10:00～10:45
  <Plenary Lecture>
  Shedding light on microbial dark matter: The “secret” life of nanosized obligate epiparasitic bacteria within the human microbiome
  　………………… Xuesong He (ADA Forsyth Institute)
   
• 10:50～11:30　　　　
  バイオマス変換を促進するための光刺激嫌気性バイオプロセスの開発
  　………………… 楊 英男（筑波大学）
   
• 11:30〜12:05
  未培養微生物の培養化を目指したタンパク質言語モデルによる全ゲノム機能アノテーション、および展望と課題
  　………………… 厚見 悠（SyntheticGestalt）
   
• 12:05～13:25　昼休み
   
• 13:25～13:55
  抗生物質探索研究への応用に向けた線虫共生細菌ライブラリーの構築
  　………………… 今井 優（信州大学）
   
• 13:55～14:25
  2槽式透析培養装置を用いた新規南極産菌類の獲得への挑戦
  　…………………辻 雅晴（旭川工業高等専門学校）
   
• 14:25～14:55
  固体培養ストレス感受性大腸菌変異株を用いた寒天培地中の増殖阻害メカニズムの解明
  　………………… 坂元 仁（大阪公立大学／関西大学）
  　
• 14:55～15:10　休憩

• 15:10～15:50
  人工知能を活用した微生物培地のデザイン
  　………………… 小西 正朗（北見工業大学）
   
• 15:50～16:30
  全原核生物を原理的に標的とし得る「一般解」としての微生物分離技法開発
  　………………… 木村 善一郎（呉工業高等専門学校）
   
• 16:30～17:10
  嫌気性廃水処理プロセスに生息する機能上重要な未培養微生物の分離培養と有効利用の可能性
  　………………… 井口 晃徳（新潟薬科大学）
   
• 17:10～17:20　おわりに…… 中山 亨（東北大学）
   

参加申込

こちらのフォームよりお申し込みください。
※当日受付は行いません。必ず事前登録をお願い致します。

• 申込締切日： 2025年3月27日（木）
   

問い合わせ先

未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会代表
筑波大学 生命環境系 青柳 秀紀
E-mail:

未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会
［（公財）発酵研究所 学会・研究部会助成］研究助成 募集要項

1. 助成対象者
   申請者は日本生物工学会の正会員とします。
    
2. 助成対象の研究課題
   微生物の分離・培養・分類・保存などに関する研究で、生物工学分野におけるダークマター微生物の課題（高効率選抜・分離・覚醒・培養法など）を解決する新たな方法論や基盤技術（自動化などの技術も含む）の確立を目指した研究を推進し、本研究部会の活動推進に貢献する提案。異分野・融合領域、産官学連携のシーズとなる研究も含みます。次世代を担う若手研究者からの提案を歓迎いたします。なお、同一もしくは類似申請課題で重複して助成を受けていない事も要件とします。
    
3. 応募金額、助成金額、助成件数
   70万円〜100万円の範囲で応募できます。審査の結果、助成金額は応募金額より減額される場合もあります。また、3件程度の採択を予定しておりますが、審査結果により採択件数が変更となる場合もあります。
    
4. 助成期間
   採択決定後から2025年3月21日（金）までとします。
    
5. 助成金受給者の義務
   適宜、研究の進捗状況について報告・討論を行います。本学会の年次大会やシンポジウムで研究成果の発表を義務付けます（JBBや生物工学会誌など学術誌への公表も積極的に行ってください）。なお、研究成果を公表する際は、謝辞に本助成を受けた旨を指定した形で明記いただきます。また、2025年4月7日（月）までに所定の用紙で研究成果報告書、収支報告書をご提出いただきます。
    
6. 応募および選考について
   
   【応募方法］
   所定の申請書に記載のうえ、電子媒体（PDF形式）で提出のこと。
   
   ♦申請書提出期限： 2023年11月17日（金）
   
   ♦提出先：
   未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会代表
   筑波大学 生命環境系
   青柳 秀紀
   E-mail:
   
   【選考方法］
   選考委員会における申請書の書類審査の議を経て、理事会で決定します。その後、助成金の支給手続きを行います。なお、審査の内容に関するお問い合わせには一切応じることは出来ません。
    
7. 問い合わせ先
   筑波大学 生命環境系 青柳秀紀
   E-mail：
    

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従来の微生物培養法では自然界の微生物の1％程度しか培養ができていません。残された99％の未培養微生物（Microbial dark matter）資源は、国内外で学術、産業面の利活用が期待され、網羅的なゲノム解析などが活発に行われています。しかしながら、塩基配列だけでは分からない微生物の機能解明や利用を考えた場合、生物工学的視点から、ダークマター微生物の解析、探索、分離・単離、培養、評価、保存、利用に関連する新規技術開発や、ビッグデータとの連携が必須です。未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会は、ダークマター微生物に関連する研究、基盤技術開発、利用の活性化を目指しています。

2021年度に本研究部会の活動を中心とする申請が（公財）発酵研究所 学会・研究部会助成に採択され、微生物の分離・培養・分類・保存などに関する研究で、生物工学分野におけるダークマター微生物の課題解決に資する新たな方法論や基盤技術の確立を目指し、本研究部会の活動推進に貢献する研究提案を生物工学会会員の皆様から公募いたしました。今回はその成果発表も含めた、シンポジウムを企画しました。また、新規な培養デバイスiChipを開発、活用することでダークマター微生物を培養化し、新規な抗生物質（teixobactin ）の発見、生産につなげたProf. Kim Lewis（Northeastern University）と同じlabのスタッフの講演もあります。皆様、奮ってご参加くださいませ。

• 日時：2023年3月29日（水） 9:50～16:55
   
• 開催形式：対面開催（現地） 定員100名程度
   
• 場所：御茶ノ水 ソラシティカンファレンスセンター Room B
  （東京都千代田区神田駿河台4-6 御茶ノ水ソラシティ1階）
   
• 参加費：無料

【主催】公益社団法人 日本生物工学会 未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会
【後援】IFO 公益財団法人 発酵研究所　　

プログラム

• 9:50～10:00　はじめに……青柳 秀紀（筑波大学）
   
• 10:00～10:50
  <基調講演>
  Discovering New Antibiotics from Unlikely Sources
  　　…………Kim Lewis（Antimicrobial Discovery Center, Northeastern University）
   
• 10:50～11:35
  <招待講演>
  New Peptide Compounds of Photorhabdus temperata Identified by the Screening
   Approach That Monitors the Outer-Membrane Stress in Escherichia coli
  　　…………Sangkeun Son（Antimicrobial Discovery Center, Northeastern University）
   
• 11:35～13:00　昼休み
   
• 13:00～13:30
  気相環境に着目した新規培養法による微生物ダークマター資源の探索
  　…………高橋 将人（筑波大学）
   
• 13:30～14:00
  南極産菌類を利用した新たな研究分野の開拓への挑戦
  　…………辻 雅晴（旭川工業高専）
   
• 14:00～14:30
  生存しているが発芽不能状態の芽胞を標的とした未培養微生物の発芽および培養法の開発  
  　…………坂元 仁（大阪公立大学／関西大学）
   
• 14:30～14:45　休憩
   
• 14:45～15:25
  ITO電極を利用した微生物スクリーニング
  　…………小山 純弘（エイブル株式会社）
   
• 15:25～16:05
  ３つの未知：未発見・未培養の未利用真菌を環境中から引き摺り出す！
  　…………橋本 陽（理化学研究所バイオリソース研究センター）
   
• 16:05～16:45　
  アメーバ共培養法による難培養性レジオネラ属菌の検出
  　…………井上 浩章（アクアス株式会社 つくば総合研究所）
   
• 16:45～16:55　 おわりに……青井 議輝（広島大学）
   

参加申込

こちらのフォームよりお申し込みください。
※当日受付は行いません。必ず事前登録をお願い致します。

• 申込締切日： 2023年3月24日（金）

問い合わせ先

未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会代表
筑波大学 生命環境系 青柳 秀紀
E-mail:

このたび日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会と未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会は共催行事として「大規模データとインフォマティクスが拓く未培養微生物研究」と題した講演会を開催予定する運びとなりました。

バイオインフォマティクス相談部会　第五回講演会
～大規模データとインフォマティクスが拓く未培養微生物研究～
（共催：未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会）

• 日時： 2022年3月7日（月）
• 会場： オンライン開催
• 会費： 無料
• 参加資格：どなたでもご参加いただけます
• 参加申込フォーム： 締め切りました（3/7　12:45）。多数のご登録ありがとうございました。

概要

　自然界の微生物の99%以上は培養化されておらず、未利用のまま存在しています。これらの解明や利活用ができれば、医薬、環境、発酵、食品など様々な分野で多大な貢献が可能であり、今後の生物工学分野の発展の鍵といえます。そのため未培養微生物（微生物ダークマター）の、分離、培養や遺伝子資源の開拓などに関する新たな方法論や基盤技術の確立が求められています。そこで今年度は、未培養微生物分野において、大規模計測技術（オミクス解析や大規模イメージング解析）、実験自動化、ならびにそこから得られた大規模データを読み解くためのインフォマティクスを駆使して研究を進めている研究者を講師として学会内外から招聘します。最新の研究成果はもちろんのこと、Wet技術とDry解析をどのように組み合わせたり、異分野間で連携しているかの事例、研究現場ならではの“生の声”をご紹介いただき、講師と参加者間の情報交換や交流の機会を提供することを目的とします。当該分野の活性化に貢献できれば幸いです。

プログラム  　※随時更新予定。

講演会 ※敬称略
13:00　開催挨拶
13:15　講演1：高橋 将人 （筑波大学）
　　　　演題： これまで気づかなかったフラスコスケールの振盪培養法の実態
13:45　講演2：小西 正朗 （北見工業大学） 
　　　　演題： その培地、最適ですか？培地AIで読みとく微生物培地
14:30　講演3：野尻 秀昭 （東京大学） 
　　　　演題： 新しい技術で環境汚染物質分解微生物群集を探索する　
15:00　講演4：西川 洋平 （早稲田大学） 
　　　　演題： 1細胞・1粒子レベルのゲノム情報から読み解く、環境細菌とファージの相互作用
15:45　講演5：黒岩 恵 （東京農工大学）
　　　　演題： 代謝ポテンシャル解析を用いたanammox細菌ー共在細菌群間の相互作用の推定
16:15　講演6：松井 求 （東京大学） 
　　　　演題： 未培養微生物研究におけるバイオインフォマティクスの役割

情報交換会 ※講演者と参加者によるフリーディスカッション
17:00-18:00

【実行委員】(五十音順、敬称略)　
　　　　　　青柳 秀紀（筑波大学）　
　　　　　　蟹江 慧（名古屋大学）　
　　　　　　兒島 孝明（名古屋大学）　
　　　　　　堀之内 貴明（産業技術総合研究所）

【問合せ先】産業技術総合研究所　人工知能研究センター　
　　　　　　堀之内貴明　E-mail:takaaki.horinouchi[at]aist.go.jp

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

開催報告

バイオインフォマティクス相談部会第五回講演会は、未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会との共催行事として、2022年3月7日にオンライン開催の形で実施しました。今回は未培養微生物分野の培養技術、計測技術、インフォマティクス題材とし、生物工学分野の内外より関連分野の研究者を招聘してご講演いただきました。

講演会に引き続き情報交換会（飲み会ではないディスカッション企画）では、たとえば「困ってい（いた）こと、データを取得するときに気を付けていること」など現場の研究者ならではの議論から、バイオインフォマティクスに対する期待まで様々な議論を交わすことができました。

ご講演下さった講師の先生方、ご参加いただいた皆様、ならびに共催として企画にご協力くださった未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会の先生方にこの場を借りて御礼申し上げます。

当日の様子

※掲載許諾済

未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会
［（公財）発酵研究所 学会・研究部会助成］研究助成 募集要項

1. 助成対象者
   申請者は日本生物工学会の正会員とします。
    
2. 助成対象の研究課題
   微生物の分離・培養・分類・保存などに関する研究で、生物工学分野におけるダークマター微生物の課題（高効率選抜・分離・覚醒・培養法など）を解決する新たな方法論や基盤技術の確立を目指した研究を推進し、本研究部会の活動推進に貢献する提案。異分野・融合領域、産官学連携のシーズとなる研究も含みます。次世代を担う若手研究者からの提案を歓迎いたします。なお、同一もしくは類似申請課題で重複して助成を受けていない事も要件とします。
    
3. 応募金額、助成金額、助成件数
   70万円〜100万円の範囲で応募できます。審査の結果、助成金額は応募金額より減額される場合もあります。また、4件程度の採択を予定しておりますが、審査結果により採択件数が変更となる場合もあります。
    
4. 助成期間
   採択決定後から2023年2月24日（金）までとします。
    
5. 助成金受給者の義務
   適宜、研究の進捗状況について報告・討論を行います。本学会の年次大会やシンポジウムで研究成果の発表を義務付けます（JBBや生物工学会誌など学術誌への公表も積極的に行ってください）。なお、研究成果を公表する際は、謝辞に本助成を受けた旨を指定した形で明記いただきます。また、2023年3月10日（金）までに所定の用紙で研究成果報告書、収支報告書をご提出いただきます。
    
6. 応募および選考について
   
   【応募方法］
   所定の申請書に記載のうえ、電子媒体（PDF形式）で提出のこと。
   
   ♦申請書提出期限： 2021年9月13日（月）
   
   ♦提出先：
   未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会代表
   筑波大学 生命環境系
   青柳 秀紀
   E-mail:
   
   【選考方法］
   選考委員会における申請書の書類審査の議を経て、理事会で決定します。2021年10月末頃までに審査結果を通知する予定です。その後、助成金の支給手続きを行います。なお、審査の内容に関するお問い合わせには一切応じることは出来ません。
   
    
7. 問い合わせ先
   筑波大学 生命環境系 青柳秀紀
   E-mail：
    

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バイオインフォマティクス相談部会　活動記録

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明　問い合わせ先：(1)E-mail, (2)E-mail

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

2018年4月24日の理事会にて以下14の研究部会設置申請が承認されました。

【第1種研究部会】

• 次世代アニマルセルインダストリー研究部会（新規）
• バイオ計測サイエンス研究部会（新規）

【第2種研究部会】

• 代謝工学研究部会
• スローフード共生発酵工学研究部会
• 学際的脂質創生研究部会
• メタボロミクス研究部会
• サスティナブル工学研究部会
• ナノバイオテクノロジー研究部会
• バイオインターフェイス研究部会
• 次世代植物バイオ研究部会
• 未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会
• 生物資源を活用した地域創生研究部会
• バイオインフォマティクス相談部会

【若手研究会】

• 生物工学若手研究者の集い（若手会）

♦関連記事：研究部会の設置申請について

⇒研究概要図

分析技術の高度化と計算機性能の向上に伴い、膨大な生命情報から有用情報を抽出するための手段であるバイオインフォマティクス解析が、生物工学分野における重要性を増しています。しかしながら、このバイオインフォマティクス解析は、高度な専門知識を要し、ターゲットや目的によって多種多様の方法論が存在し、さらにはその手法も刷新を続けていることから、初学者にとっては敷居が高いと言わざるを得ません。また、そうした状況に対し、適切な教育やサポート体制の提供は不十分であることが多く、各研究者が独力で個別問題に取り組まざるを得ないという状況が頻出しています。また各種バイオインフォマティクス技術の専門家は必ずしも生物工学分野の人材であるとは限らず、その場合には目的やニーズの相違やコミュニケーションの問題を解決する必要が生じます。

そこで生物工学分野にフォーカスした解析サポート環境の整備や交流の場の形成、バイオインフォマティクスがわかる（できる）生物工学研究者の育成、研究活動の支援などを目的として当部会を2017年度に設立しました。当部会は、生物工学分野をバックグラウンドとしつつバイオインフォマティクス解析手法に精通した研究者が主体となって運営しています。これにより、バイオ系人材のバックグラウンドに即した目的やニーズに即した活動を行うことができます。これに加え、ウェット系研究者との連携を得意とするバイオインフォマティクスのプロフェッショナル研究者を外部有識者として擁しており、高度な支援や異分野交流のさらなる促進を実現する体制を整えています。

これまでに相談窓口の運営、ノートPCを持ち込んでデータ解析方法を学ぶハンズオンセミナー、情報交換と交流を目的とした講演会などを開催してきました。また、これまでに講演会開催に際して学会内の他の研究部会（バイオ計測サイエンス研究部会、次世代アニマルセルインダストリー研究部会、未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会）の協力を仰ぎ、部会共通のトピックの設定や、登壇者選定や開催告知の面での連携を進めてきました。こうした部会間の連携の強化をはかることにより、本部会の活動をさらに有機的なものとし、学会組織や学会員に対する幅広い貢献を目指して活動を行っています。

バイオインフォマティクスに興味のある方々はぜひ本部会の活動にご参加ください。当ページ下部に活動内容一覧を記しております。

■お知らせ

・New DIY自動化ハンズオンセミナーを開催しました（2024/3/15）。

・ バイオインフォマティクス相談窓口における生成系AIの使用に関する基本方針を策定しました。

・2023年度大会シンポジウムにおいて「データ駆動型研究が導く未培養微生物 (微生物ダークマター) の開拓と展望」(2023年9月5日)をオーガナイズしました。未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会の青柳秀紀先生（筑波大学）との共催でした。

・相談窓口にてタンパク質立体構造予測プログラムのAlphaFold2の解析サポート始めました。

・部会委員が執筆を行った総説が公開されました。（Uesaka et al., Bioinformatics in bioscience and bioengineering: Recent advances, applications, and perspectives, J. Biosci. Bioeng., In Press）Society for Biotechnology, Japan 100th Anniversary Special Issue

・部会委員が編集協力、分担執筆を行った書籍が発刊されました。（実験医学別冊 論文図表を読む作法　第7章　NGSなどを用いた網羅的解析を担当しました）

・活動記録、研究部会業績、資料アーカイブ、関連リンク集をそれぞれ独立ページにしました。

活動内容

■相談窓口 (リンク)
　各種のバイオインフォマティクス解析手法に精通した生物工学研究者により構成される相談窓口を運営しております。
　AlphaFold2の解析相談も受け付けております。

■一般部会員メーリングリスト
　生物工学会におけるバイオインフォマティクス分野の活性化と情報共有、交流を目的として、部会メーリングリスト（ML）を運営しております。一般部会員になっていただくことでMLに登録され、当該分野の関連情報や部会が主催するイベント等の告知についてのメールを受信できます。またMLに情報を発信することも可能です。
　一般部会員への登録をご希望の方は、メールの件名または本文に「バイオインフォマティクス相談部会　一般部会員希望」とご記入の上、代表宛（E-mail）までご連絡下さい。

■各種研究会合の開催
　生物工学分野の内外から、バイオインフォマティクス技術を利活用されている先生方をお招きし、交流の場を設けております。奮ってご参加下さると幸いです。

■これまでの活動記録 (リンク)

■研究部会業績 (リンク)
　本部会の活動がきっかけになった共同研究や、相談窓口への投稿が元になった成果などをとりまとめています。

■資料アーカイブ (リンク)
　本部会活動においてこれまで作成・運用されたコンテンツをご覧になることができます。

■関連リンク集 (リンク)


運営委員

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明　問い合わせ先：(1)E-mail, (2)E-mail

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