公益社団法人 日本生物工学会

・バイオインフォマティクス相談部会

　当部会の前身となった部会です。

・ラボラトリーオートメーション協会

　研究自動化を題材として様々な活動を行っています。

・grubio　（当部会と連携）

　ライフサイエンス×情報科学分野の研究者と交流できる場を提供しています。

お問合せ先

長浜バイオ大学 フロンティアバイオサイエンス学科
石川 聖人
E-mail:

| 脂質未来開拓研究部会 | 植物バイオものづくり研究部会 | バイオDX研究部会 | 炭素資源循環研究部会 | 代謝工学研究部会 | スローフード共生発酵工学研究部会 | メタボロミクス研究部会  | ナノバイオテクノロジー研究部会  | 未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会 | 生物資源を活用した地域創生研究部会 | 次世代アニマルセルインダストリー研究部会 | バイオ計測サイエンス研究部会 | 培養技術研究部会 | 自然共生に学ぶ生物工学研究部会 | 生物工学若手研究者の集い（若手会）|

⇒研究概要図

生物工学分野において、近年急速に進歩している機械学習や生成AIなどの情報科学の手法を利用することが研究開発の加速や効率化のために喫緊の課題である。それを支える高品質なビッグデータの取得のためには、大規模計測技術や実験自動化がその重要な技術となる。本学会では、ビッグデータを用いた研究の推進とその解析サポートを目的としたバイオインフォマティクス相談部会が研究部会として長年活動を続けてきた。しかしながら、上述の大規模計測技術や実験自動化技術の劇的な進展に伴い、バイオインフォマティクスを基盤としたバイオDXの実現には、情報・計測・自動化、各分野のアプローチの有機的連携が必要不可欠となった。さらに、これらの技術はそれぞれ高度な知識や経験を要し、各研究者が独力で取り組むことは大変困難である。これらの状況を鑑み、前身となるバイオインフォマティクス相談部会を発展的解消の上、各技術の専門家が一堂に会し、相互交流の活発化やマッチングなどの場を構築することを目的とする新たな研究部会、バイオDX研究部会の設立を着想した。

運営委員

［代表］

石川 聖人（長浜バイオ大学 フロンティアバイオサイエンス学科）

［幹事長］

相馬 悠希（産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門）

［会計］

蟹江 慧（近畿大学工学部 化学生命工学科）

［委員］（五十音順）

石井 純（神戸大学 大学院科学技術イノベーション研究科）
岡 大椰（ローレンスバークレー国立研究所 ジョイントゲノム研究所）
岡橋 伸幸（大阪大学 大学院情報科学研究科）
兒島 孝明（名城大学農学部 生物資源学科）
曽宮 正晴（大阪大学 産業科学研究所）
田中 健二郎（名古屋大学 大学院創薬科学研究科）
ダムナニョヴィッチ ヤスミナ（名古屋大学 大学院生命農学研究科）
橋本 講司（東京大学 大学院総合文化研究科）
馬場 保徳（石川県立大学 生物資源工学研究所）
堀之内 貴明（理化学研究所 生命機能科学研究センター）

［お知らせ］

・2025年8月27日に長浜バイオ大学でキックオフミーティング（closed）を開催します。

［リンク集］

https://www.sbj.or.jp/division/division_biodx_links.html

お問合せ先

長浜バイオ大学 フロンティアバイオサイエンス学科
石川 聖人
E-mail:

| 脂質未来開拓研究部会 | 植物バイオものづくり研究部会 | バイオDX研究部会 | 炭素資源循環研究部会 | 代謝工学研究部会 | スローフード共生発酵工学研究部会 | メタボロミクス研究部会  | ナノバイオテクノロジー研究部会  | 未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会 | 生物資源を活用した地域創生研究部会 | 次世代アニマルセルインダストリー研究部会 | バイオ計測サイエンス研究部会 | 培養技術研究部会 | 自然共生に学ぶ生物工学研究部会 | 生物工学若手研究者の集い（若手会）|

このたび日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会は、2024年3月15日にハンズオンセミナーを開催する運びとなりました。

バイオインフォマティクス相談部会　DIY自動化ハンズオンセミナー

主催：日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会（リンク）
協力：Laboratory Automation研究会（リンク）

• 日時： 2024年3月15日（金）13:00開始～17:00頃終了予定
• 会場： 産業技術総合研究所臨海副都心センター（リンク）ならびにオンライン（zoom）
• 参加資格：どなたでもご参加いただけます
• 参加申込： こちらからご登録ください。（リンク）
• 申込締切：現地参加：2月28日（水）締め切りました / オンライン参加：3月14日（木）
• 参加費：現地参加：20000円 / オンライン参加：無料
  • （注1）参加費は、製作するデバイス用の部品購入費用を含みます。製作したデバイスはお持ち帰りいただくことが可能です。
  • （注2）会場都合により、現地参加者の人数には上限を設けます（最大8名を予定）。応募者多数の場合は志望内容等を考慮して選抜を行うためご希望に沿えない場合がございますが、ご了承いただけますと幸いです。選抜結果は3月1日中にメールにてご連絡いたします。

​概要

　生物工学分野ならびにバイオインフォマティクス分野において、近年急速に進歩している機械学習や生成AIを利用することが研究開発の加速や効率化のために喫緊の課題となっている。高品質、大規模データの取得のための実験自動化はその重要技術であることには疑いないものの、(1)その導入には高いコストや特有のノウハウなどの参入障壁がある。また、現在は何らかの形で人間の介入を必須とするが、(2)その動作ログやデータログの欠如はデジタルトランスフォーメーションやデジタルツイン環境などの次世代自動化技術を実現するための大きな課題である。
　これに対して3DプリンターやシングルボードPCなどを用いた簡易的な自動化システムやその構成要素を実装するDIY自動化が、(1)ならびに(2)の課題に対して突破口となりうる。そこで本ハンズオンセミナーでは本分野の第一人者である野口大貴博士を講師として、実際にいくつかのシステム（後述）の製作を体験していただく。ハンズオンセミナーではラボ環境のデジタル化のためのモニタリングシステムの製作を体験していただく。オンラインではその模様を中継し、より多くの方にDIY自動化について学ぶ機会を提供したい。

ハンズオンセミナー内容詳細

• 製作物名称：ラズパイを用いた環境モニター＆ライブカメラシステム
• 実習概要：小型IoTデバイス「Raspberry Pi Zero2」を使用したハンズオン講習会を開催します。この講習会では、実験環境をデジタル化するための第一歩として、Raspberry Pi Zero2を活用して、室内の温度と湿度を測定し、そのデータをサーバーへ送信・可視化するシステムの開発を行います。また、インターネット経由でリアルタイムに映像を確認できるライブカメラの設定も行います。
• 学習内容：Raspberry Pi Zero2の使い方、はんだ付け、温度・湿度センサーの使い方（シリアル通信）、Linux、APIの活用、時系列データベースの使用、データの可視化、Rasberry Pi Cameraの使い方

講師：野口大貴 先生（理研・客員研究員）

実行委員：蟹江慧（近大・准教授）、兒島孝明（名城大・准教授）、堀之内貴明（産総研・主任研究員）※五十音順・敬称略

問合せ先：産業技術総合研究所　人工知能研究センター　
　　　　　　堀之内貴明　E-mail:takaaki.horinouchi[at]aist.go.jp

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

バイオインフォマティクス相談窓口における生成系AIの使用に関する基本方針

バイオインフォマティクス相談部会代表
産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明 

　生成系AIは、効果的に活用することによって研究開発効率を格段に向上させるポテンシャルを有するものの、情報漏洩をはじめとする様々な懸念も存在します。そこで当部会では、バイオインフォマティクス相談窓口の運用に際して、生成系AIの使用について以下のように定めます。これらの方針は、今後の情勢により変更する可能性がありますのでご了承ください。
 

1. 生成系AIを使用する場合は、個人情報や機密情報は含めない。
2. 1を踏まえたうえで、生成系AIの使用は各相談担当者に一任する。

なお、この基本方針の策定にあたり生成系AIは使用しておりません。

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明　問い合わせ先：(1)E-mail, (2)E-mail

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

このたび日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会は、2023年3月20日に記念フォーラムを開催する運びとなりました。

バイオインフォマティクス相談部会　記念フォーラム
～生物工学会におけるバイオインフォマティクスのこれまでとこれから～

• 日時： 2023年3月20日（月）13時～
• 会場： オンライン/サテライト会場（名城大学）
• 会費： 無料
• 参加資格：どなたでもご参加いただけます
• 参加申込フォーム： 締め切りました。たくさんのご登録ありがとうございました。

​概要

　バイオインフォマティクス相談部会は第一種研究部会として1年間、その後第二種研究部会として5年間にわたって様々な活動を行ってきました。そこで、これまでの活動状況や成果を取りまとめて公表するとともに，部会活動がもたらした効果や活動意義などを議論する場を設けることとしました。
　第一部では、座談会およびトークセッションにより、その成果の紹介や、このような学会活動を通じて得られた貴重な経験として人脈形成やキャリアへの影響、異分野融合の重要性など、多様な観点での意義について共有します。これらの内容や研究分野の今後の展望などについて議論できれば幸いです。また、部会活動に顕著な貢献を行った研究者を顕彰する「バイオインフォマティクス相談部会奨励賞/若手奨励賞」の授賞式とミニスピーチも執り行います。座談会はトークセッションの講演者、授賞者に加え、参加者の皆さまも交えて闊達な議論ができれば幸いです。是非この機会にお集まりいただき、交流の輪を広げる場としてご利用頂けますと幸いです。
　第二部ではオンライン相談窓口を開設します。バイオインフォマティクスのお困りごとや普段疑問に抱いていることなどについて、文面ではなく口頭で気軽に相談できるまたとないチャンスです。相談を希望される方は、参加登録時に投稿フォームにご記入いただくことで、当日スムーズに対応いたします。

プログラム概要 ※随時更新

第一部：13:00-15:50
　13:00-13:10   開会挨拶・企画概要説明
　13:10-13:40   座談会1（お題：部会のこれまでの活動の振り返り）
　　　休憩
　13:55-14:15   授賞式 & ミニスピーチ
　　　トークイベント
　14:15-14:30   演題1：バイオインフォマティクス相談部会のおかげで論文が出せます（志水元亨先生・名城大学）
　14:30-14:45   演題2：バイオインフォマティクスﾁｮｯﾄﾜｶﾙ（石川聖人先生・長浜バイオ大学）
　14:45-15:00   演題3：学際領域を渡り歩いてみた（堀之内貴明先生・産業技術総合研究所）
　　　休憩
　15:15-15:45　座談会2（お題：部会と学術分野の意義、若手育成や研究者のブランディング、将来展望）
　15:45-15:50　閉会挨拶
第二部：16:00-17:00
　16:00-17:00　オンライン相談窓口　※混雑状況によって最大17:30まで延長の可能性あり

実行委員：堀之内貴明（産総研）、兒島孝明（名城大）、蟹江慧（近大）

問合せ先：産業技術総合研究所　人工知能研究センター　
　　　　　　堀之内貴明　E-mail:takaaki.horinouchi[at]aist.go.jp

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

開催報告

バイオインフォマティクス相談部会記念フォーラムは、2023年3月20日にオンライン/名城大学（サテライト会場）のハイブリッド開催の形で実施しました。当部会のこれまでの活動により得られた知見の共有と、将来展望の議論を目的として、座談会形式とトークイベントを織り交ぜて実施しました。

座談会1では部会のこれまでの活動を「設立前夜秘話」「黎明期」「安定期」の3つのパートに分け、実行委員からは活動を通じて感じたことや裏話、利用者からは利用に際しての感想を織り交ぜつつ活動の振り返りを行いました。

次に、表彰式が行われました。バイオインフォマティクス相談部会の活動に多大な貢献を行った研究者として名古屋大学の上坂一馬先生に奨励賞が、名古屋大学の岡大椰先生に若手奨励賞が授与され、受賞スピーチが行われました。引き続きトークイベントとして3名の演者（名城大・志水元亨先生；長浜バイオ大・石川聖人先生；産総研・堀之内貴明先生）によるトークが行われました。

座談会2では「若手育成や研究者のブランディングにとって部会がどのように活用できるか/できているか」「生物工学分野における部会の意義と貢献、そしてその今後について」と題して、登壇者らによる議論が行われました。

第二部ではオンライン相談窓口を開設し、部会委員による相談対応を行いました。
最後に、ご講演下さった講師の先生方、ご参加いただいた皆様にこの場を借りて御礼申し上げます。

当日の様子

座談会1で使用したスライド

座長の兒島先生

日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会　奨励賞
名古屋大学　上坂 一馬 先生
おめでとうございます！！

上坂先生による受賞スピーチが行われました。

日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会　若手奨励賞
名古屋大学　岡 大椰 先生
おめでとうございます！！

岡先生による受賞スピーチが行われました。

トークイベント1：志水先生（名城大学）

トークイベント2：石川先生（長浜バイオ大学）

トークイベント3：堀之内先生（産総研）

座談会2の様子

第二部としてオンライン相談窓口が開設されました。Zoomのブレイクアウトルームの機能を使用しました。

このたび日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会と未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会は共催行事として「大規模データとインフォマティクスが拓く未培養微生物研究」と題した講演会を開催予定する運びとなりました。

バイオインフォマティクス相談部会　第五回講演会
～大規模データとインフォマティクスが拓く未培養微生物研究～
（共催：未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会）

• 日時： 2022年3月7日（月）
• 会場： オンライン開催
• 会費： 無料
• 参加資格：どなたでもご参加いただけます
• 参加申込フォーム： 締め切りました（3/7　12:45）。多数のご登録ありがとうございました。

概要

　自然界の微生物の99%以上は培養化されておらず、未利用のまま存在しています。これらの解明や利活用ができれば、医薬、環境、発酵、食品など様々な分野で多大な貢献が可能であり、今後の生物工学分野の発展の鍵といえます。そのため未培養微生物（微生物ダークマター）の、分離、培養や遺伝子資源の開拓などに関する新たな方法論や基盤技術の確立が求められています。そこで今年度は、未培養微生物分野において、大規模計測技術（オミクス解析や大規模イメージング解析）、実験自動化、ならびにそこから得られた大規模データを読み解くためのインフォマティクスを駆使して研究を進めている研究者を講師として学会内外から招聘します。最新の研究成果はもちろんのこと、Wet技術とDry解析をどのように組み合わせたり、異分野間で連携しているかの事例、研究現場ならではの“生の声”をご紹介いただき、講師と参加者間の情報交換や交流の機会を提供することを目的とします。当該分野の活性化に貢献できれば幸いです。

プログラム  　※随時更新予定。

講演会 ※敬称略
13:00　開催挨拶
13:15　講演1：高橋 将人 （筑波大学）
　　　　演題： これまで気づかなかったフラスコスケールの振盪培養法の実態
13:45　講演2：小西 正朗 （北見工業大学） 
　　　　演題： その培地、最適ですか？培地AIで読みとく微生物培地
14:30　講演3：野尻 秀昭 （東京大学） 
　　　　演題： 新しい技術で環境汚染物質分解微生物群集を探索する　
15:00　講演4：西川 洋平 （早稲田大学） 
　　　　演題： 1細胞・1粒子レベルのゲノム情報から読み解く、環境細菌とファージの相互作用
15:45　講演5：黒岩 恵 （東京農工大学）
　　　　演題： 代謝ポテンシャル解析を用いたanammox細菌ー共在細菌群間の相互作用の推定
16:15　講演6：松井 求 （東京大学） 
　　　　演題： 未培養微生物研究におけるバイオインフォマティクスの役割

情報交換会 ※講演者と参加者によるフリーディスカッション
17:00-18:00

【実行委員】(五十音順、敬称略)　
　　　　　　青柳 秀紀（筑波大学）　
　　　　　　蟹江 慧（名古屋大学）　
　　　　　　兒島 孝明（名古屋大学）　
　　　　　　堀之内 貴明（産業技術総合研究所）

【問合せ先】産業技術総合研究所　人工知能研究センター　
　　　　　　堀之内貴明　E-mail:takaaki.horinouchi[at]aist.go.jp

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

開催報告

バイオインフォマティクス相談部会第五回講演会は、未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会との共催行事として、2022年3月7日にオンライン開催の形で実施しました。今回は未培養微生物分野の培養技術、計測技術、インフォマティクス題材とし、生物工学分野の内外より関連分野の研究者を招聘してご講演いただきました。

講演会に引き続き情報交換会（飲み会ではないディスカッション企画）では、たとえば「困ってい（いた）こと、データを取得するときに気を付けていること」など現場の研究者ならではの議論から、バイオインフォマティクスに対する期待まで様々な議論を交わすことができました。

ご講演下さった講師の先生方、ご参加いただいた皆様、ならびに共催として企画にご協力くださった未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会の先生方にこの場を借りて御礼申し上げます。

当日の様子

※掲載許諾済

会は盛況のうちに終了しました。ご参加ありがとうございました。

この度日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会は、第四回講演会を3/17にオンライン開催する運びとなりました。今回は細胞工学分野におけるデータサイエンスを題材とし、次世代アニマルセルインダストリー研究部会との共催により開催いたします。講演会では、生物工学分野の内外でご活躍されている研究者、ならびに企業の方をお招きしてご講演頂きます。

バイオインフォマティクス相談部会　第四回講演会
～細胞工学分野におけるデータサイエンス～
（共催：次世代アニマルセルインダストリー研究部会）

• 日時： 2021年3月17日(水) 
• 会場： 名古屋大学・オンラインハイブリッド開催
• 会費： 無料
• 参加資格：どなたでもご参加いただけます
• 参加申込フォーム： 受付を締め切りました。多数のお申込みありがとうございました。

概要

　動物細胞を用いた産業分野はバイオ医薬品等の生産手段から、人工臓器、バイオマテリアル、再生医療など、年々その適用分野のすそ野が広がりを見せています。近年の大規模計測、情報解析、実験自動化などをはじめとする各種の技術革新により、細胞工学分野は新たな局面を迎えつつあると言えます。
　そこで今年度は、細胞工学分野において、最先端の計測技術（オミクス解析やイメージング解析）、実験自動化、AI技術を利活用する気鋭のアカデミア研究者、ならびに先端的機器の開発を進める企業研究者を学会内外から招聘します。今回は次世代アニマルセルインダストリー研究部会との共催行事として開催することで、より多彩な背景を持つ研究者を招聘いたします。
　最新の研究成果はもちろんのこと、Wet研究とDry解析をどのように組み合わせるかのお話や、異分野間で連携しているかの事例、研究現場ならではの生の声をお聞かせいただけるかと思います。是非この機会にお集まりいただき、交流の輪を広げる場として日本生物工学会をご活用頂けますと幸いです。

プログラム ※一部変更となる可能性がございます

講演会 ※敬称略
13:00　開催挨拶
13:15　講演1：松下祐樹（ミシガン大学）
　　　　演題：シングルセル解析が解き明かす骨再生の世界
13:45　講演2：尾崎遼（筑波大学）
　　　　演題：シングルセルオミクスにおけるデータサイエンス
14:30　講演3：松尾英一（島津製作所） *講演者変更
　　　　演題：MS-Imagingとアプリケーションのご紹介　
15:00　講演4：上野宗一郎（株式会社IDDK）
　　　　演題：マイクロイメージングデバイスによる顕微観察について
15:30　講演5：長谷部涼（SCREENホールディングス）
　　　　演題：Cell3iMagerシリーズを用いたラベルフリーイメージングとAI技術を活用した細胞形態解析システム
16:15　講演6：神田元紀（理化学研究所）
　　　　演題：汎用ヒト型ロボットによる細胞培養の自動化・高度化・共有化
16:45　講演7：伊藤三郎（ヤマハ発動機株式会社）
　　　　演題：ヤマハ産業ロボット技術の応用～従来にない細胞データ取得と高機能ピッキングを実現したシステム

情報交換会 ※講演者と参加者によるフリーディスカッション
17:30-18:30

【実行委員】堀之内貴明（理化学研究所）　
　　　　　　加藤竜司（名古屋大学）　
　　　　　　兒島孝明（名古屋大学）　
　　　　　　蟹江慧（名古屋大学）

【問合せ先】理化学研究所　生命機能科学研究センター　
　　　　　　堀之内貴明　E-mail:takaaki_horinouchi[at]riken.jp

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

開催報告

バイオインフォマティクス相談部会第四回講演会は、次世代アニマルセルインダストリー研究部会との共催行事として、2021年3月17日に名古屋大学・オンラインハイブリッド開催の形で実施しました。。今回は細胞工学分野におけるデータサイエンスを題材とし、生物工学分野の内外より関連分野の研究者を招聘してご講演いただきました。今回はアカデミア、ならびに企業の参加者が多く、当該分野への関心の高さが伺えました。

講演会に引き続き情報交換会（飲み会ではないディスカッション企画）では、たとえば「データを取得するときに気を付けていること」など現場の研究者ならではの議論から、当部会への期待まで様々な議論を交わすことができました。

ご参加いただいた皆様、ならびに共催として企画にご協力くださった次世代アニマルセルインダストリー研究部会の先生方にこの場を借りて御礼申し上げます。

当日の様子

バイオインフォマティクス相談部会　関連リンク集

・生物工学若手研究者の集い（若手会）
様々な分野の若手研究者の交流の場の提供を目的として、毎年の夏のセミナー開催などの活動が行われています。当部会の幹事会メンバーはここで出会いました。
夏のセミナーでは当部会との共催企画を何度も開催させていただきました（活動記録を参照）。

・バイオ計測サイエンス研究部会
バイオテクノロジーと分析、計測、データ解析技術開発研究の融合領域に関する活動が行われています。
当部会運営委員からも複数の先生が委員として参加されています。
2019年には講演会を共催しました（リンク）。

・質量分析インフォマティクス研究会
質量分析法研究コミュニティとバイオインフォマティクス研究コミュニティの学際的協力と情報交換の促進を目的として活動が行われています。
当部会運営委員の津川裕司先生が運営に携わっておられます。

・CBI若手の会
情報計算化学生物学会（The Chem-Bio Informatics Society）の若手の会です。
当部会相談窓口の外部アドバイザーを務められておられる江崎剛史先生が運営に携わっておられます。

・macでインフォマティクス
当部会相談窓口の外部アドバイザーを務められておられる上坂一馬先生が運営されています。たいへん参考になります。

・biopapyrus
バイオインフォマティクス、アグリインフォマティクスの記事が豊富に掲載されており、たいへん参考になります。

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明　問い合わせ先：(1)E-mail, (2)E-mail

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

バイオインフォマティクス相談部会　活動記録

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明　問い合わせ先：(1)E-mail, (2)E-mail

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

バイオインフォマティクス相談部会　部会業績

本部会の活動がきっかけになった共同研究や、相談窓口への投稿が元になった成果などをとりまとめています。情報は随時更新されます。

・蟹江慧, 百瀬賢吾, 加藤竜司,「動物細胞培養の計測と自動化への取り組み、今後の展望(7章第11節)」実験の自動化・自律化によるR&Dの効率化と運用方法, 381-392, (株)技術情報協会 (2023)

・Uchida, S., and Sugino, T. In Silico Identification of Genes Associated with Breast Cancer Progression and Prognosis and Novel Therapeutic Targets. Biomedicines. 10, 2995 (2022)

・Uesaka K., OKa H., Kato R., Kanie K., Kojima T., Tsugawa H., Toda Y., Horinouchi T. Bioinformatics in bioscience and bioengineering: Recent advances, applications, and perspectives, J. Biosci. Bioeng. 134, 363-373 (2022) *Society for Biotechnology, Japan 100th Anniversary Special Issue

・Uchida, S., Kojima, T., and Sugino, T. Frequency and Clinicopathological Characteristics of Patients With KRAS/BRAF Double-Mutant Colorectal Cancer: An In Silico StudyFrequency and Clinicopathological Characteristics of Patients With KRAS/BRAF Double-Mutant Colorectal Cancer: An In Silico Study. Pathol. Oncol. Res. 28, 1610206 (2022)

・Nomura, R., Tsuzuki, S., Kojima, T., Nagasawa, M.,Sato, Y., Uefune, M., Baba, Y. Hayashi, T., Nakano, H., Kato, M., and Shimizu, M. Administration of Aspergillus oryzae suppresses DSS-induced colitis. Food Chem: Mol. Sci. 4, 100063 (2022)

・Ishikawa, M., Kojima, T., and Hori, K. Development of a Biocontained Toluene-Degrading Bacterium for Environmental Protection. Microbiol Spectr.  Microbiol Spectr. 9, e0025921 (2021)

・Uchida, S., Kojima, T., and Sugino, T. Clinicopathological Features, Tumor Mutational Burden, and Tumour-Infiltrating Lymphocyte Interplay in ERBB2-Mutated Breast Cancer: In Silico Analysis. Pathol. Oncol. Res. 27, 633243 (2021)

・江崎剛史, 堀之内貴明, 夏目やよい, 野島陽水, 坂根巌, 松井秀俊, 抗菌薬の化学構造と大腸菌の耐性獲得に関する遺伝子発現の相関推定, CBI学会誌, 8(4),37 (2020)

・〇Tsuyoshi Esaki, Takaaki Horinouchi, Yayoi Natsume-Kitatani, Yosui Nojima, Iwao Sakane, Hidetoshi Matsui. Estimation of relationships between chemical substructures and gene expression antibiotic-resistance of bacteria: Adapting canonical correlation analysis for small sample data by gathered features using consensus clustering. CBI学会2020年大会, オンライン開催, 2020年10月30日 (口頭)

・Tsuyoshi Esaki, Takaaki Horinouchi, Yayoi Natsume-Kitatani, Yosui Nojima, Iwao Sakane, Hidetoshi Matsui. Estimation of relationships between chemical substructures and antibiotic resistance-related gene expression in bacteria: Adapting a canonical correlation analysis for small sample data of gathered features using consensus clustering. Chem-Bio Informatics Journal, 20, 58-61 (2020)

・〇堀之内貴明, 兒島孝明, 蟹江慧. “生物工学会バイオインフォマティクス相談部会における取り組み”, 質量分析インフォマティクス研究会・第5回ワークショップ 質量分析とデータ科学で生命に迫る, オンライン開催, 8月7日, 2020年（口頭）

・名古屋大学大学院 生命農学研究科 分子生物工学研究室, 名城大学大学院 農学研究科 応用微生物学研究室, 石川県立大学 生物資源研 環境生物工学研究室:醸造微生物、麹菌のもつ食品機能：腸内細菌叢改善と大腸炎緩和作用. 名古屋大学予防早期医療創成センター第9回ワークショップ, 令和2年1月 名古屋

・蟹江慧、玉田正樹、池田友里圭、佐々木寛人、外川文雄、加藤竜司:細胞培養作業の数量的記述および理解のためのデータ解析. 2019年度生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー, 令和元年7月 高島

・Ohtsuka, H., Kato, T., Sato, T., Shimasaki, T., Kojima, T., and Aiba, H. Leucine depletion extends the lifespans of leucine-auxotrophic fission yeast by inducing Ecl1 family genes via the transcription factor Fil1. Mol. Genet. Genomics.  294, 1499–1509 (2019)

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明　問い合わせ先：(1)E-mail, (2)E-mail

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

新型コロナウイルス流行に伴う緊急事態宣言の発令および自粛要請により、各大学、公的機関、企業等において、出勤や登校を伴う実験系研究の実施や継続に多大な影響が生じたことかと存じます。

バイオインフォマティクスは、勿論その内容にも依存しますが自宅でも作業が可能であることから、自粛要請を機に始められた方も多いかと存じます。研究者自身の勤務や自己研鑽だけでなく、自宅待機する学生さんの学習教材として、また新たなテーマの方向性として検討された方もおられるかと存じます。幸い最近では、無料で使用できる言語やツールとともに、その使い方についての教材がweb上で多く入手可能となってきております。

そこで、自粛期間中に皆様が取り組んだバイオインフォマティクスに関する学習等の内容、および使用したweb教材等をアンケートという形で取りまとめて共有することにいたしました。興味はあるけど手が出せなかったという方の参考になりますし、今後コロナウイルス感染の第二派到来が起こった際にも活用できるかと存じます。

本部会は日本生物工学会の公募型研究部会として活動しておりますが、このアンケートおよびその結果は学会内外にかかわらず広く共有することで、その価値をさらに高めることができると考えております。
是非近隣の皆様にもご回覧いただき、アンケートにお答えいただけますと大変幸いです。

【アンケートへのご回答はこちら】

【現在までのアンケート回答結果はこちら】

⇒バイオインフォマティクス相談部会ページへ

バイオインフォマティクス相談部会　資料アーカイブ

本部会活動においてこれまで作成・運用されたコンテンツをご覧になることができます。
情報は随時更新されます。

• 自粛期間中のバイオインフォマティクス学習におけるアンケート

アンケート投稿フォーム

アンケート結果

• Chainerを用いた深層学習ハンズオンセミナー（2019年3月9日　東京都）

当日使用したセミナー資料を株式会社Preferred Networks様よりご提供いただきました。

資料1　メディカルAI専門コース オンライン講義資料　（深層学習の理論とChainer関数群の解析用）
資料2　microscopy_data_with_chainer　（今回の実習のプログラム実行内容）

• クラスター解析デモ（第70回生物工学会大会附設展示会　2018年9月5-7日　関西大学）

資料1  Rを用いたRNA-Seqデータのクラスタリング 

(リンクかサムネイル画像をクリックすると動画の再生が始まります)

資料2  Rを用いたRNA-Seqデータのクラスタリング (入力用スクリプト)

• 第三回講演会　～大規模計測とインフォマティクスと自動化～（2019年11月20日　京都大学）
• 第二回講演会（2018年12月3日　東京大学）

講演会の開催趣旨説明用のスライドです。講演会、ならびに本部会の運営理念についての理解の一助にしていたけますと幸いです。ファイルは読取専用です。pptx版は説明原稿付きとなっております。

第三回講演会　開催趣旨スライドpptx版（説明原稿付き）・pdf版
第二回講演会　開催趣旨スライドpptx版（説明原稿付き）・pdf版

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明　問い合わせ先：(1)E-mail, (2)E-mail

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

この度バイオインフォマティクス相談部会は、2019年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー（2019年7月20日 滋賀県高島市）におきまして、共催企画として「バイオインフォマティクス出張相談窓口」を開催いたします。企画は会期中に同会場内で行いますので、夏のセミナーの参加者はどなたでもご参加頂くことができます。奮ってご参加下さい。

バイオインフォマティクス出張相談窓口　開催概要

• 日時： 2019年7月20日　（2019年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー会期中）
• 企画概要 ​
  　分析技術の革新やコンピュータの演算能力の向上に伴い、多量のデータを論理的かつ効率的に解析するバイオインフォマティクスの生物工学分野における重要性が増しています。しかしバイオインフォマティクス解析は高度な専門知識を要し、さらにターゲットや目的によって方法論が多種多様であるため、未経験者にとっての敷居が高いことが課題となっています。そこでバイオインフォマティクス相談部会では当該分野の活性化、交流の場の形成、人材育成、研究活動の支援などの活動を行っています。
  　当日は当部会の運営メンバーが出張相談窓口を開設しますので、日頃のバイオインフォマティクス解析のお悩みごとがありましたら、ぜひご相談下さい。当部会ではweb上において常設の相談窓口（url）を運用しており、当日は窓口利用時の様子や雰囲気の紹介も予定しております。

【問合せ先】バイオインフォマティクス相談部会　　
　　　　　　理化学研究所・生命機能科学研究センター
　　　　　　堀之内貴明　E-mail:takaaki_horinouchi[at]riken.jp

開催報告

バイオインフォマティクス出張相談窓口は、2019年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナーの共催企画として、2019年7月20日-21日に滋賀県高島市にて開催しました。開催にあたり、実行委員長の青木航先生（京都大学）をはじめとする実行委員の先生方にご協力を頂きましたことを厚く御礼申し上げます。

当日の様子

会場では、ポスター発表時に部会のポスターを掲示して部会委員が説明をおこなったほか、「たすき」をかけた部会委員が随時相談や説明に応じました。

⇒バイオインフォマティクス相談部会

本年度の生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー2018は6月30日～7月1日に、北海道北見市・北見工業大学ならびに自然休暇村センターにて開催されました。

今回は、初の北海道開催で会場の制約から1日目の招待講演とポスター発表を北見工業大学で行い、宿泊ならびに2日目にバイオインフォマティックス相談部会との共催イベントなどを北見市自然休暇村センターで行いました。

おかげさまをもちまして全国から81名（一般37名、学生44名）の御参加をいただき、45件のポスター発表を行いました。

【初日】
はじめに
若手会会長の今中先生にご挨拶いただき、講演会を開始しました。

講演会

講演会では、5名の先生方にご講演いただきました。研究成果に加え、研究過程やキャリアに関する経験談もご講演いただき感銘を受けました。

特別講演1　(座長：小西)
『生物学的方法による生体材料評価の現状』
大津　直史　先生　（北見工業大学）

特別講演2　(座長：堀)
『電子顕微鏡で解き明かす生物の仕組み』
釜崎 とも子 先生（北海道大学 遺伝子病制御研究所・分子腫瘍分野）

特別講演3　(座長：中島)
『エネルギーの観点から見る微生物の多様な生存戦略』
加藤 創一郎 先生（産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門）

特別講演4　(座長:東)
『私の来た道〜油田細菌から超好熱菌そして植物共生細菌まで』
森川　正章　先生（北海道大学大学院 地球環境科学研究院）


特別講演5
『次世代シーケンサーの現状』(座長:佐藤)
森本　一　先生　(北海道システムサイエンス株式会社)


活発な討論が行われました。

ポスターセッション
北見工業大学コミュニケーションアトリウムで開催しました。
45件のポスター発表で活発な議論が行われました。


BBQ
バスで北見市自然休暇村センターに移動し、バーベキューの夕食を楽しみました。

学会長の木野先生が乾杯の挨拶をされました。

ビンゴ大会
ビンゴ大会が行われました(担当：邱)

討論会
北海道の日本酒とともに、討論会を行いました。

【2日目】
バイオインフォマティクス相談会主催セミナー
Oxford社MinIONシーケンサーの紹介やデータプロセッシングのいろはを解説していただきました。
 

⇒バイオインフォマティックス相談部会

授賞式
1日目のポスター発表の投票結果から各ポスター賞が授与されました。
最優秀ポスター賞
・兼吉 航平（大阪大院・工）
P19: 高生産株の構築を目指した蛍光標識抗体による細胞内分泌過程解析

優秀ポスター賞
・元根 啓佑（京大院農・応用生命）
P06: 海洋資源の有効利用と保全への取り組み―大型藻類の有効利用とサンゴ礁の保護―

・渡辺 一樹（北見工大院・工・バイオ環境化学）
P09: 人工知能や統計的手法による天然培地成分からの発酵生産量予測

・岩舘 秀樹（千葉大院・融合理工）
P17: ECM 薄膜を組み込んだ細胞培養用マイクロ灌流デバイスの開発

・竹内 健人（北見工大院・バイオ環境）
P20: 発酵阻害物質耐性酵母KS47-1 株の性質と遺伝子導入法の検討

専門分野賞
・河合 美桜（関西大院・理工）
P14: グルコースリプレッションを回避する流加培養による乳酸菌の乳酸生産抑制

・竹田 雄大（北大院・工・環循シ）
P34: GFP を融合したシリカ重合酵素の機能解析

・岡 大椰（名古屋大学生命農学研究科 応用生命科学）
P40: データマイニングを駆使したAspergillus oryzae 由来転写因子AoXlnR 制御遺伝子の網羅的解析

ユニバーサル賞
・森本 一輝（北見工大院・バイオ環境）
P01: 新規凍結耐性酵母を用いた冷凍パンの品質調査

・宮永 未森（北大院・工・環境循環）
P07: 宮崎海岸周辺に生息する尿素分解菌を用いた地盤固化試験

Good Design賞
・今井 祐太（名大院創薬）
P27: 細胞形態情報解析を用いた間葉系幹細胞培養プロセスにおける品質工学的逸脱管理

・佐伯 琴音（千葉大院 融合理工）
P35: マイクロ流体デバイスを用いた細胞の配列化およびカプセル化技術の開発

Beginners’賞
・岩田 茉奈（北大院工）
P25: 針葉樹分解過程における木材腐朽菌Phlebiopsis gigantea のオミクス解析

・立花 成我（北見工大・工・バイオ環境化学）
P26: 統計解析、ニューラルネットワークを用いた培養予測システム構築

おわりに
初代会長の高木 昌宏先生（北陸先端大）にご挨拶いただきました。
　

実行委員から、お礼申し上げ、閉会とさせていただきました。


最後に会場で集合写真を撮影しました。
　

来年も京都での夏のセミナーにてお会いしたいと思います。

►Page Top

⇒若手会Topへ

この度バイオインフォマティクス相談部会は、第70回生物工学会大会（2018年9月5日 – 9月7日 関西大学）の附設展示会におきまして、展示ブースを出展いたします。皆様のご来場をお待ちしております。

バイオインフォマティクス相談部会　展示ブース　開催概要

• 日時： 2018年9月5日 – 9月7日　（第70回生物工学会大会会期中）
• 展示内容
  • バイオインフォマティクス相談部会の活動紹介
  • 部会主催企画　深層学習ハンズオンセミナー（2019年3月開催予定）の告知
  • R言語を用いたRNA-Seqデータのクラスタリング解析実演
  • モバイルシーケンサーの展示
  • バイオインフォマティクス出前相談 
• 展示時刻
  • ​展示会場は9月5日10:00～9月7日14:00まで開場しておりますが、ブースへの駐在を部会委員が担当する都合上、一部時間は不在とします。
    詳しくは下記リンクをご参照下さい。
    • 部会員駐在時刻

【問合せ先】バイオインフォマティクス相談部会　　
　　　　　　理化学研究所・生命機能科学研究センター
　　　　　　堀之内貴明　E-mail:takaaki_horinouchi[at]riken.jp

開催報告

バイオインフォマティクス相談部会　展示ブース

2018年9月5日 – 9月7日　関西大学（第70回生物工学会大会会期中）

　台風21号の影響で交通機関の遅延・運休や停電が発生したにもかかわらず、たくさんの方々にお越しいただき、誠にありがとうございます。またブース出展にあたり格別のご配慮をいただいた大会実行委員の先生方に厚く御礼申し上げます。

当日の様子

    
展示会場で示した「R言語を用いたRNA-Seqデータのクラスタリング解析」の実演ムービーを、希望者に配布いたします。現在配布準備中ですのでお待ちいただけますと幸いです。→資料アーカイブにuploadしました（リンク）

この度バイオインフォマティクス相談部会は、2018年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー（2018年6月30日 – 7月1日 北見工業大学）におきまして、共催企画として「バイオインフォマティクス簡易相談ブース+解析体験デモ」を開催いたします。企画は会期中に同会場内で行いますので、夏のセミナーの参加者はどなたでもご参加頂くことができます。奮ってご参加下さい。

バイオインフォマティクス簡易相談ブース+解析体験デモ　開催概要

• 日時： 2018年6月30日 – 7月1日　（2018年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー会期中）
• 企画主旨 
  • ​生物工学研究者にとってバイオインフォマティクス解析は、興味があるものの実際に自身で手掛けるにはハードルが高く感じられることがしばしばある。当企画はそうしたハードルを下げて、個々の研究者が新しいチャレンジをする助けとすべく、実際の解析の模様を身近なものとして紹介することを目的としている。
• 企画内容1　バイオインフォマティクス簡易相談ブース 
  • ​バイオインフォマティクス相談部会の運営メンバーが会場に居りますので、日頃のバイオインフォマティクス解析のお悩みごとがありましたら、相談に応じます。当部会ではweb上でバイオインフォマティクス相談窓口（url）を運用しておりますが、窓口利用時の様子や雰囲気をご紹介することもできます。

• 企画内容2　バイオインフォマティクス解析体験デモ 
  • ​部会運営メンバーが持参したノートパソコンでデータ解析の実演、解析体験をしていただくことができます。今回はメタゲノム解析を題材とし、コマンドラインによるBlast解析により、メタゲノムデータに含まれる菌種の同定のデモを予定しております。また最近、高速シーケンサーの低価格化、省スペース化が著しく、利用の敷居が下がっております。簡易に導入できる高速シーケンサーの一例として、当日はノートパソコンに接続して使用可能なモバイルシーケンサーの展示も行います。これらにより、意外と簡単にデータ取得や解析ができそうだということを実感していただき、新たな研究にチャレンジするきっかけとなれば幸いです。

【問合せ先】バイオインフォマティクス相談部会　　
　　　　　　理化学研究所・生命機能科学研究センター
　　　　　　堀之内貴明　E-mail:takaaki_horinouchi[at]riken.jp

開催報告

バイオインフォマティクス簡易相談ブース+解析体験デモは、2018年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナーの共催企画として、2018年6月30日-7月1日に北見工業大学ならびに北見市自然休養村センターにて開催しました。開催にあたり、北見工業大学の小西正朗先生をはじめとする実行委員の先生方にご協力を頂きましたことを厚く御礼申し上げます。

当日の様子

6月30日　ポスター会場の一角に簡易ブースを出展しました。

7月1日　解析体験デモを開催しました。朝9時開始の有志参加企画として開催しました。
昨日は夜遅くまで議論を行っていたにも関わらず、多くの方がご参加下さいました。

ノートパソコンでメタゲノムデータの配列解析を体験している様子。

⇒バイオインフォマティックス相談部会

2018年4月24日の理事会にて以下14の研究部会設置申請が承認されました。

【第1種研究部会】

• 次世代アニマルセルインダストリー研究部会（新規）
• バイオ計測サイエンス研究部会（新規）

【第2種研究部会】

• 代謝工学研究部会
• スローフード共生発酵工学研究部会
• 学際的脂質創生研究部会
• メタボロミクス研究部会
• サスティナブル工学研究部会
• ナノバイオテクノロジー研究部会
• バイオインターフェイス研究部会
• 次世代植物バイオ研究部会
• 未培養微生物（微生物ダークマター）資源工学研究部会
• 生物資源を活用した地域創生研究部会
• バイオインフォマティクス相談部会

【若手研究会】

• 生物工学若手研究者の集い（若手会）

♦関連記事：研究部会の設置申請について

盛況のうちに終了いたしました。多数のご参加ありがとうございました。⇒開催報告はこちら

SBJシンポジウムは、日本生物工学会がカバーする広い科学技術・教育分野について、産官学の連携を深め、さらにはアジアをはじめとした諸外国の情報や動向について討議することを目的として、創立100周年に向けて新たにスタートしたものです。

5回目となる今回は、センシング技術の生物工学的展開と題し、センシング技術の最先端を紹介いたします。動物細胞分化状態、微生物培養経過、DNA 塩基配列、そしてヘルスケアと多様なターゲットを対象としたセンシング技術を紹介し、生物工学的展開を展望して議論いたします。

口頭発表終了後には、各発表者にポスター等をご用意いただき、討論がさらに深まることを期しています。
多数の皆様のご参加をお待ちしております。

• 日時：2018年5月25日（金）9:50～17:00
   
• 場所：筑波大学 東京キャンパス　文京校舎
  　　（〒112-0012  東京都文京区大塚3-29-1）⇒キャンパスマップ
  　　　丸ノ内線 茗荷谷駅下車「出口１」徒歩5分程度
  　　　
• 参加費：
  会員：1,000円（税込・要旨集代を含む）
  　　　（ご所属先が賛助・団体会員・後援学会ご所属の方を含む）
  学生：無料
  非会員：3,000円（税込・要旨集代を含む）
  ※参加費は当日受付にてお支払いください。
   
• 申込方法：こちらのフォームよりお申込みください。

【主催】公益社団法人 日本生物工学会
【後援】公益社団法人 日本農芸化学会、公益社団法人 化学工学会
　　　　公益財団法人 日本醸造協会、一般財団法人 バイオインダストリー協会　　　

プログラム

• 9:50～10:00　開会の辞……日本生物工学会会長 木野 邦器（早稲田大学）
   
• 10:00～10:35
  「細胞形態画像計測を用いた再生医療用細胞培養の管理」
  　…………加藤 竜司（名古屋大学）
  　協力：バイオインフォマティクス相談部会
   
• 10:40～11:15
  「微生物の培養経過をセンシングする技術
  　～培養経過をリアルタイムで非侵襲的にセンシングする～」
  　…………中吉 佳昭　⇒変更しました　福田 鉄平（三洋貿易株式会社）
  　
• 11:20～11:55
  “Nanobiosensors and Lateral Flow Assay (LFA) using Pairs of Aptamers developed with GO-SELEX for Biomarkers and Pandemic Viruse”
  ⇒変更しました
  “Aptamer Duos From Screening to Nanobiosensors and Lateral Flow Assays”
  　…………Man Bock Gu (Korea University)
   
• 12:00～12:35【特別講演】
  「長鎖DNAを用いた生命現象の理解と，それを可能とする新技術創出に向けて
  　―CREST・さきがけの新規研究開発領域―」
  　…………川口 哲（科学技術振興機構）
   
• 12:35～13:40　昼休み
   
• 13:40～14:15
  「呼気診断センサの開発」
  　…………下野 健（パナソニック株式会社）
   
• 14:20～14:55
  「指尖からの経皮蛍光を用いた健康状態モニタリング技術」
  　…………山中 幹宏（シャープライフサイエンス株式会社）
   
• 15:00～15:35
  「腸内環境に基づく個別化ヘルスケアの必要性」
  　…………村上 慎之介（株式会社メタジェン）
   
• 15:40～16:15
  「アミノ酸で健康状態を測る―現在と将来のリスク評価―」
  　…………森 妹子（味の素株式会社）
   
• 16:20～16:55　討論（ポスターや展示等による）　各発表者
   
• 16:55～17:00　閉会の辞……日本生物工学会副会長 高木 昌宏（北陸先端科学技術大学院大学）　　　　　　　　　　　　　　　　

問い合わせ先

公益社団法人 日本生物工学会事務局 （吹田市山田丘2-1 大阪大学工学部内）
TEL: 06-6876-2731　FAX: 06-6879-2034
E-mail: （SBJシンポジウム担当）

バイオインフォマティクス相談部会では、各種のバイオインフォマティクス解析手法に精通した生物工学研究者により構成される相談窓口を開設しました。

⇒バイオインフォマティクス相談窓口はこちら

⇒バイオインフォマティクス相談部会ページへ

この度バイオインフォマティクス相談部会第一回講演会を大阪大学吹田キャンパスで開催する運びになりました。本講演会では生物工学分野に限らず、バイオインフォマティクス技術を利活用されている先生方をお招きしてご講演いただく予定ですので、交流の輪を広げる場としてご活用いただけますと幸いです。

⇒バイオインフォマティクス相談部会の活動紹介はこちら

第一回講演会　開催概要

• 日時： 2017年12月26日（火） 13:00～
• 場所： 大阪大学吹田キャンパス　銀杏会館  (大阪府吹田市山田丘2-2）
  • 参加費：無料
• 懇親会： 17:30～　レストラン「クルール」
  • 懇親会参加費：一般4000円 / 学生1000円
• 参加申込フォーム： 終了しました。

• プログラム

13:00-13:10 開会挨拶

13:10-13:40 講演1 戸谷吉博 先生（大阪大学 情報科学研究科）
「バイオインフォマティクスを利用した代謝工学のための設計技術」

13:40-14:10 講演2 松田史生 先生（大阪大学 情報科学研究科）
「代謝工学におけるバイオインフォマティクスの仕事」

14:10-14:40 講演3 海津一成 先生（理化学研究所 生命システム研究センター）
「E-Cell System: from a single molecule to a whole cell」

14:40-15:00 休憩

15:00-15:30　講演4　岩本一成 先生（大阪大学 蛋白質研究所）
「シグナル依存的なクロマチン構造変化によるスーパーエンハンサーの制御機構」

15:30-16:00 講演5 瀬尾茂人 先生（大阪大学 情報科学研究科）
「バイオイメージインフォマティクスと共同研究について」

16:00-16:30 講演6 樋口千洋  先生（医薬基盤・健康・栄養研究所 バイオインフォマティクスプロジェクト）
「企業でのバイオインフォマティクス研究を振り返って 」

16:30-17:00 講演7 尾形善之 先生（大阪府立大学 生命環境科学研究科）
「次世代シーケンサーをより簡便に活用する」

17:00-17:10 閉会挨拶

17:30- 懇親会 レストラン「クルール」

【実行委員】戸谷吉博（大阪大学）
　 　　　　  豊島正和（大阪大学） 　
　　　　　　堀之内貴明（理化学研究所）　

【問合せ先】理化学研究所・生命システム研究センター　　
　　　　　　堀之内貴明　E-mail:takaaki_horinouchi[at]riken.jp

開催報告

バイオインフォマティクス相談部会第一回講演会は、2017年12月26日に、大阪大学吹田キャンパス銀杏会館にて開催されました。

生物工学分野の内外より、バイオインフォマティクス技術を利活用されている7名の先生にご講演をいただき、最先端の研究に加え、共同研究やウェット・ドライ間の連携などに関するご講演を頂きました。会は終始リラックスした雰囲気で進行し、しばしば現場の本音が漏れる貴重なお話を聞くことが出来ました。

年の瀬のご多忙のところ、お陰様を持ちまして33名（一般27名、学生6名）にご参加頂きました。ウェット系・ドライ系を含め色々な立場の参加者がおられ、質疑応答も盛況でした。本講演をきっかけに、皆様の交流の輪が広がっていくことを願っております。

ご参加いただきました皆様に心より感謝申し上げます。
 

当日の様子

講演1 戸谷吉博 先生（大阪大学 情報科学研究科）
「バイオインフォマティクスを利用した代謝工学のための設計技術」

講演2 松田史生 先生（大阪大学 情報科学研究科）
「代謝工学におけるバイオインフォマティクスの仕事」

講演3 海津一成 先生（理化学研究所 生命システム研究センター）
「E-Cell System: from a single molecule to a whole cell」

講演4　岩本一成 先生（大阪大学 蛋白質研究所）
「シグナル依存的なクロマチン構造変化によるスーパーエンハンサーの制御機構」

講演5 瀬尾茂人 先生（大阪大学 情報科学研究科）
「バイオイメージインフォマティクスと共同研究について」

講演6 樋口千洋  先生（医薬基盤・健康・栄養研究所 バイオインフォマティクスプロジェクト）
「企業でのバイオインフォマティクス研究を振り返って 」

講演7 尾形善之 先生（大阪府立大学 生命環境科学研究科）
「次世代シーケンサーをより簡便に活用する」

講演会場の様子

集合写真

懇親会 (大阪大学吹田キャンパス　レストラン「クルール」)

バイオインフォマティクス相談窓口

  Menu（クリックすると各項目に飛びます） 
　・窓口利用の流れ
　・相談窓口 委員名簿
　・投稿フォーム

　バイオインフォマティクス解析は高度な専門知識を要し、さらにターゲットや目的によってその方法論が多種多様である。そのため、近隣に詳しい人が居ない等の理由により独力で問題解決に当たる必要がある初学者は、独学に適した書籍などの情報や専門家が集うコミュニティを自力で探す必要があった。また各種バイオインフォマティクス技術の専門家は必ずしも生物工学分野の人材であるとは限らず、その場合には目的やニーズの相違やコミュニケーションの問題を解決する必要が生じる。
　そこで当部会では、各種のバイオインフォマティクス解析手法に精通した生物工学研究者からなる相談部会を設置し、相談窓口を通じて相談者の課題解決に対して様々な支援を行う。

相談窓口利用の流れ　概要

1)相談内容の投稿
相談者は相談窓口フォームに相談内容の入力を行います。相談内容の秘密保持のため、この内容は運営委員全員には送付されず、まず幹事会が受理します。

2)担当委員の選定
相談内容や相談者と委員との利益相反関係の有無に基づき、幹事会が担当委員を選定します。担当してもらいたい（orもらいたくない）委員を提示していただければ、選定時に考慮させていただきます。

3)相談対応
担当委員が相談内容に対応します。現在我々が想定している相談内容は、たとえば以下のようなものがありますが、相談内容はこれに限定するものではありません。何でもお気軽にご相談下さい。

相談内容の例
・〇〇解析をやってみたいが/ためしにやってみたが、××という問題が起こってしまいうまくいかない/どの方法が適切なのかわからない/これで正しいのかわからない
・〇〇〇〇のような実験を行ったが、これをどのように解析したらよいのかわからない
・じっくりと〇〇解析をする必要に迫られているが、いっしょにやってくれる人はいないか？/色々詳しく教えてくれないか？
・〇〇技術についての情報収集をしたいが、どこかに良いコミュニティはあるか？

4)一般部会員メーリングリスト
一般部会員としてご加入いただくことにより、当部会が運営するメーリングリスト（ML）をご利用いただくことが出来ます。ML上で解析方法などに関して情報を収集したり、広く議論することも可能です。

相談窓口　構成員名簿

免責事項

相談窓口をご利用される前に、必ずお読みください。
・相談窓口をご利用される場合は、この免責事項に同意されたものとみなします。
・相談窓口を利用することによって生じたいかなるトラブルおよび損失、損害に対しても、当部会は一切責任を負いません。
・当部会に所属する運営委員は相談内容に対して万全を尽くしますが、必ずしも相談者のご希望に沿う結果を保証するものではありません。
・相談窓口は、予告なしに内容を変更または削除することがあります。

生成系AIの使用について

部会では、バイオインフォマティクス相談窓口における生成系AIの使用に関する基本方針を作成しております。詳細はリンク先の記事をご覧ください。

お願い

当該研究分野の発展を目的とし、当部会を構成する幹事会、担当委員は無償で部会運営にあたっております。研究分野への持続的な貢献や、当部会をより良いものにするために、活動実績が示されることは大きな意味を持ちます。相談窓口の利用にあたっては、以下にご協力下さると幸いです。

• 相談窓口を通じて得られた知見などが具体的な研究結果へとつながる見込みとなる場合、研究結果の帰属を担当委員と協議して下さい。
• 成果発表時には、謝辞に日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会（英語表記：Bioinformatics Consultation Forum, The Society for Biotechnology, Japan）の協力を得たことを明記して下さい。また、成果発表時には部会までご一報いただけると助かります。
  • 表記例
    【英文】This work was supported by Bioinformatics Consultation Forum, The Society for Biotechnology, Japan.
    【和文】本研究は日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会の協力を受けたものです。
• 学生の方が相談窓口を利用する場合は、所属機関における教育との兼ね合いや成果の取扱に関する協議が必要となる場合がありますので、指導教員等の了承を得たうえでご利用下さい。

よくある質問FAQ – 相談窓口について

Q. どこまでのことを対応してもらえるのか？
　↓
A. 相談内容に依りますが、担当委員と直接やりとりをしていただき、同意が得られる範囲であれば制限はありません。単純な技術的な質問、たとえば「〇〇が正しく実行されない」といった内容なら、それが達成されたら相談は終了になるかと思います。あるいは「〇〇という研究を遂行したい」ということであれば、担当委員との共同研究として発展させていただけると、当部会としても喜ばしい限りです。

Q. どのような分野、目的、技術内容の相談でも対応してもらえるのか？
　↓
A. 当部会が擁する担当委員が可能な限り対応をいたします。もちろん、バイオインフォマティクスと一言で言っても非常に広範な内容を含みますので、どの担当委員もフォローしきれないような物も数多くあるかと思います。その場合も、課題解決が可能だと期待される他の研究者を紹介する等、できる限りの努力をします。

Q. 相談窓口の利用にあたり、秘密保持契約を締結したい。
　↓
A. 投稿フォーム最下部の備考欄にその旨をご記入下されば対応します。その場合、初回に投稿フォームを利用する際は、幹事会に示しても良い内容のみをご記入下さい。

お問合せ先

産業技術総合研究所 人工知能研究センター
堀之内 貴明　問い合わせ先：(1)E-mail, (2)E-mail

⇒バイオインフォマティクス相談部会Topへ

この度バイオインフォマティクス相談部会第一回勉強会を名古屋大学で開催する運びになりました。

⇒バイオインフォマティクス相談部会の活動紹介はこちら

• 日時： 2017年8月10日（木） 13:30～17:10
• 場所： 名古屋大学ベンチャービジネスラボラトリー  (名古屋市千種区不老町B2-4）3Fベンチャーホール
• 参加料：一般 3,000円 学生 1,000円 　*参加料は当日支払いです。
• 参加申し込みフォーム：終了しました。
• 懇親会:参加費は無料です。

プログラム

13:00- 受付
13:30-13:40 開会の挨拶
13:40-14:10 「代謝システムの理解と応用に向けた数理解析」
        大野 聡 先生 (東京大学 大学院理学系研究科 特任助教)
14:10-14:40 「生命動作原理の理解に向けて―新奇オミックスアプローチの提案―」
        青木 航 先生 (京都大学大学院 農学研究科 応用生命科学専攻 生体高分子化学研究室 助教, 科学技術振興機構さきがけ (兼任))
14:40-15:10 「分子デザインを通じた機能性分子認識素子の開発と利用，そこにインフォマティクス！？」
        今中 洋行 先生 (岡山大学大学院 自然科学研究科 機能分子化学専攻 助教)
15:10-15:30 休憩
15:30-16:00 「遺伝子発現制御システムの設計とin vivo再構成に資する数理モデリング」
        相馬 悠希 先生 (九州大学 生体防御医学研究所 附属トランスオミクス医学研究センター 助教)
16:00-16:30 「分子進化・集団遺伝学を背景にしたバイオインフォマティクス解析の事例紹介」
        中川 草 先生 (東海大学 医学部 基礎医学系 分子生命科学 助教)
16:30-17:00 「次世代型シーケンサーを用いた植物科学への研究支援」
        鈴木 孝征 先生 (中部大学 応用生物学部 講師)
17:00-17:10 閉会の挨拶
17:30頃より 懇親会

*本勉強会は実習形式ではなく講演会形式で各先生に30分程度のご講演をして頂きます。どうかお気軽にご参加下さい。

【問合せ先】名古屋大学農学部・生命農学研究科　
　　　　　　兒島 孝明　E-mail:kojimat[at]nuagr1.agr.nagoya-u.ac.jp

開催報告

バイオインフォマティクス相談部会第一回勉強会は、2017年8月10日に、名古屋大学ベンチャービジネスラボラトリー3階ベンチャーホールにて開催されました。

生物工学分野でバイオインフォマティクス技術を既に取り入れておられる、またはこれから取り入れようとされている4名の先生と、生物工学分野外からバイオインフォマティクスをご専門とされている2名の先生にご講演をいただき、最先端の研究に加え、共同研究やウェット・ドライ間の連携などに関するご講演を頂きました。

部会として初のイベントでしたが、お陰様を持ちまして43名（一般20名、学生23名）のご参加を頂き、活発な議論や交流を行うことができました。本勉強会をきっかけに、皆様の交流の輪が広がっていくことを願っております。

ご参加いただきました皆様に心より感謝申し上げます。

開会挨拶

部会代表の堀之内より開会挨拶と本勉強会の開催趣旨、ならびに部会の活動内容についての説明を致しました。

講演

大野 聡 先生（東京大学）
「代謝システムの理解と応用に向けた数理解析」

青木 航 先生 （京都大学）
「生命動作原理の理解に向けて―新奇オミックスアプローチの提案―」

 今中 洋行 先生（岡山大学）
「分子デザインを通じた機能性分子認識素子の開発と利用，そこにインフォマティクス！？」

相馬 悠希 先生（九州大学）
「遺伝子発現制御システムの設計とin vivo再構成に資する数理モデリング」

中川 草 先生（東海大学）
「分子進化・集団遺伝学を背景にしたバイオインフォマティクス解析の事例紹介」

鈴木 孝征 先生（中部大学）
「次世代型シーケンサーを用いた植物科学への研究支援」

講演会場の様子

懇親会

►研究部会Topへ